1935年門格勒在慕尼黑大學的提奧多·莫利遜教授(Prof. Dr. Theodor Mollison)那裡取得了第一個博士學位,他在人類學的畢業題目為“對於四種種族人類的前下齶部分的種族形態學研究”(Rassenmorphologische Untersuchungen des vorderen Unterkieferabschnittes bei vier rassischen Gruppen)。1936年他成功地通過了國家第一考試,並且在萊比錫大學醫院兒科進行了為期4個月的實習。估計就是在這段時期他的那種貌似和藹可親的笑容得以形成。從1937年開始,他參加了由奧特馬·馮·傅舒爾教授所領導的新建立的對繼承生物學和種族純淨進行重點鑽研的法蘭克福研究所。在這段醫科臨床實習之後,他得到了醫生就醫執照並且從1937年9月1日開始作為醫生助手為傅舒爾教授工作。在1938年他更是得到了第二個博士學位,而且還是他一直非常嚮往的醫科博士。