系統關係即系統與系統之間的關係。各系統之間由於結構、功能不同,其相互關係也不同。系統關係是十分複雜、豐富的。從時不變系統的角度看,系統有等級關係和並列關係。縱向等級有低級系統、高一級系統、更高一級的超系統,形成向上或向下的等級關係。每個等級上有多個橫向系統的並列關係。從時變系統角度看,系統變化需要時間,時間也導致系統的變化,這就產生系統進化中的若干關係研究:如封閉與開放、組織與自組織、有序與無序、量變與質變、漸變與突變、對稱與對稱破缺、可逆與不可逆、偶然與必然、內因與外因、競爭與協調等等關係範疇。從系統的相互作用和功能的角度看,系統之間有因果關係、依賴關係、吞食關係、破壞關係等等。