1991年至1995年期間,馬爾蒂奇曾擔任克羅地亞境內的塞爾維亞克拉伊納共和國內政部長、國防部長和總統。法庭認定,馬爾蒂奇作為克羅地亞塞族領導人有能力阻止針對非塞族人的罪行,但他卻利用職權加重了對非塞族人的迫害。法庭認定,馬爾蒂奇與前南斯拉夫領導人米洛舍維奇等一起迫害克羅地亞和波赫的非塞族居民。法庭還認定,馬爾蒂奇於1995年5月下令對薩格勒布市中心進行轟炸,造成7人死亡、200多人受傷。
前南刑庭1995年7月正式對馬爾蒂奇提出指控,馬爾蒂奇2002年5月到海牙自首。前南刑庭2005年12月開始對馬爾蒂奇案進行審理。