指穴位局部組織的形態結構。近代學者通過屍體解剖，並聯繫針感與機能進行綜合性觀察，從經絡學說、神經學說、神經—體液學說等多種途徑，運用實驗形態學、組織化學、電子顯微鏡等新的技術手段，從巨觀和微觀兩方面對穴位的形態結構進行深入的研究和探索，現代解剖學初步證實穴位與神經，血管、淋巴、肌肉、肌腱之間存在有一定的關係。屍體層次解剖發現所有穴位的穴區內部有周圍神經分布。主要穴位同神經及血管周圍的植物性神經叢、神經支都有密切的關係，經穴的分布形式在很大程度上同神經節段性支配相一致，並具有一定的規律性。穴位處的神經分布與相關臟器的神經支配同屬於相同的脊髓節段，或在該內臟所屬的神經支配的節段範圍內。陰陽表里兩經的神經分布基本上部屬於脊髓的相同節段，並通過相應的神經側支吻合來溝通表里兩經的聯繫。穴位與血管、淋巴管也有較密切的關係，占經穴總數62．5%的穴位又在肌肉分界處，其餘的則位於肌肉、肌腱之中或起，止點上，即穴位與肌肉、肌腱關係也很密切。套用組織學、組織化學或形態結構與機能相結合的方法，從微觀上對穴位形態進行研究，結果表明，穴區的表皮、真皮、皮下筋膜、肌層及血管組織中都有豐富而多樣的神經末梢、神經束、神經叢和各種特殊感受器（麥氏小體、克氏小體、巴西尼小體等）。說明穴位的特殊之處就在於它比非穴區組織記憶體在著更為密集的血管、神經及神經感受器等。其中穴位與神經系統關係最為密切，血管次之，與其他組織也有一定的關係。此外，穴位形態結構可能還包括某些目前科學水平下尚未發現和人們尚未認識的一些未知結構。
