科學發現邏輯一指科學家實際用以探索和解釋自然現象的思想程式。在19世紀以前，科學哲學家對科學發現的研究，是與對發現結果的辯護與評價問題的研究聯繫在一起的。發現的邏輯亦即論證的邏輯。如F．培根的歸納邏輯和笛卡兒的演繹邏輯。至19世紀20、30年代，隨著距離觀察實驗越來越遠的科學理論的出現，科學理論的可錯性才逐漸為人們所認識。邏輯實證主義者主張一種經驗主義科學探究的程式。波普主張一種理性主義科學探究的程式。庫恩雖試圖把發現問題納入科學哲學的考察範圍，但由於他把範式的改變視為一種格式塔轉換，因此把發現的邏輯問題轉化成為發現的心理學或社會學問題。1958年漢森出版的《發現的模式》以及歷史學派後期的代表人物瓦托夫斯基，都試圖建立發現的邏輯，反對把科學發現排除在理性傳統之外。
二指有關科學發現方法的合理性問題。科學發現的過程是提出問題或提Hj假說、解決問題和建立理論的過程。在這個過程中，直覺起著十分重要的作用。直覺是一種創造性思維活動，它具有非邏輯即非程式性的特點，但直覺的發生及隨後對直覺推理的展開，都離不開比較與分析、綜合與概括、類比與想像等基本邏輯手段。在進行創造性思維、追求科學發現的過程中，儘管沒有機械固定的程式規則，各種方法的運用也只能是隨機組合，但確實存在著是否具有有效性和合理性的問題。研究科學發現的邏輯（合理性和有效性）有助於掌握科學發現的規律，提高科學發現的效率，加速科學發現的進程。
