石樂明，男，復旦大學生命科學學院教授。
基本介紹
- 中文名：石樂明
- 畢業院校：中國科學院過程工程研究所
- 學位/學歷：博士
- 職業：教師
- 專業方向：藥物基因組學、精準醫學、醫學大數據、生物信息學及化學信息學
- 就職院校：復旦大學
個人經歷,研究方向,獲獎記錄,學術成果,
個人經歷
復旦大學生命科學學院教授、藥物基因組學研究中心主任、復旦-張江臨床基因組學聯合研究中心主任；美國FDA客座研究員、國家 863 計畫“生物大數據”重大項目總體專家組專家、中國藥理學會藥物基因組學專業委員會常委、成都市人民政府生物醫藥產業戰略諮詢專家。
1985年湖南大學分析化學本科畢業，理學學士；1988 年中國科學技術大學計算化學研究生畢業，理學碩士；1991年中國科學院過程工程研究所計算化學博士研究生畢業，工學博士，後留所任助理研究員（1991年）和副研究員（1993年）。1994年赴美國，先後在凱斯西儲大學（研究助理）、美國國立健康研究院腫瘤研究所（訪問學者）、美國食品和藥品管理局（FDA）、美國家用（惠氏）及巴斯夫等機構和公司任（資深）研究科學家職務。2001年作為原創人之一創辦深圳微芯生物科技有限責任公司，任信息學部主任，負責計算機輔助藥物分子設計並創建了基於化學基因組學的創新藥物研發和篩選平台。2003 年作為資深研究員重新加入美國FDA，發起並領導關於基因晶片和新一代測序質量控制標準和套用的MAQC/SEQC大型國際合作研究計畫，其研究成果由Nature出版集團於2006年、2010年和2014年出版3個專輯，美國FDA依此制訂了相應的藥物基因組學指南。發表學術論文200多篇（其中11篇發表於Nature Biotechnology），SCI引用8,000多次。獲4項創新藥物化合物美國專利授權，兩個化合物已進入中國III期臨床試驗，一個進入美國和日本臨床試驗。
研究方向
從事藥物基因組學、精準醫學、醫學大數據、生物信息學及化學信息學等方面的研究和開發工作，旨在提高新藥研發的成功率和藥物臨床套用的有效率。
獲獎記錄
多次獲美國FDA局長頒發的獎勵，包括傑出科學合作獎（2011）、合作獎（2008）、特殊貢獻獎（2005）
學術成果
1.Wang J#, Yu Y#, Shen H, Qing T, Zheng Y, Li Q, Mo X, Wang S, Li N, Chai R, Xu B, Liu M, Brindley PJ, McManus DP, Feng Z,Shi L, Hu W. Dynamic transcriptomes identify biogenic amines and insect-like hormonal regulation for mediating reproduction in Schistosoma japonicum.Nature Communications, 8:14693 (2017).
2.Zhu J, Chen G, Zhu S, Li S, Wen Z, Bin Li, Zheng Y*,Shi L*. Identification of Tissue-Specific Protein-Coding and Noncoding Transcripts across 14 Human Tissues Using RNA-seq.Scientific Reports, 6:28400 (2016)
3.Chen G, Schell JP, Benitez JA, Petropoulos S, Yilmaz M, Reinius B, Alekseenko Z,Shi L, Hedlund E, Lanner F, Sandberg R, Deng Q*. Single-cell analyses of X Chromosome inactivation dynamics and pluripotency during differentiation.Genome Research, 26(10), 1342-1354 (2016)
4.MetaSUB International Consortium (Shi Lwas listed as a co-PI). The Metagenomics and Metadesign of the Subways and Urban Biomes (MetaSUB) International Consortium inaugural meeting report.Microbiome, 4(1), 24 (2016)
5.Zhang W#, Yu Y#, Hertwig F#, …,Shi L*, Peng Z*, Fischer M*. Comparison of RNA-seq and microarray-based models for clinical endpoint prediction.Genome Biology, 16(1), 133 (2015)
6.Peifer M, Hertwig F, Roels F, …,Shi L, …, Thomas RK, Fischer M. Telomerase activation by genomic rearrangements in high-risk neuroblastoma.Nature, 526(7575), 700-704 (2015)
7.Su Z#, Łabaj PP#,Li S#, …, Kreil DP*, Mason CE*, Shi L*. A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequence Quality Control consortium.Nature Biotechnology, 32(9), 903-914 (2014)
8.Yu Y#, Fuscoe JC#, …,Shi L*, Wang C*. A rat RNA-Seq transcriptomic Bodymap across 11 organs and 4 developmental stages.Nature Communications, 5:3230 (2014)
9.Ostrov DA, Grant BJ, …,Shi L, …, Peters B. Drug hypersensitivity caused by alteration of the MHC-presented self-peptide repertoire.PNAS, 109(25), 9959-9964 (2012)
10.Shi L*, Campbell G, …, Wolfinger RD. The MicroArray Quality Control (MAQC)-II study of common practices for the development and validation of microarray-based predictive models.Nature Biotechnology, 28(8), 827-838 (2010)
11.Shi L*, Reid LH, …, Slikker W, Jr. The MicroArray Quality Control (MAQC) project shows inter- and intraplatform reproducibility of gene expression measurements.Nature Biotechnology, 24(9), 1151-1161 (2006)
12.Guo L, Lobenhofer EK, …,Shi L.Rat toxicogenomic study reveals analytical consistency across microarray platforms.Nature Biotechnology, 24(9), 1162-1169 (2006)
13.Tong W, Lucas AB, …,Shi L.Evaluation of external RNA controls for the assessment of microarray performance.Nature Biotechnology, 24(9), 1132-1139 (2006)
