相互協商程式是國際稅收協定中規定的締約國之間相互協商稅收問題的程式。《經合發組織協定範本》和《聯合國協定範本》在“特別規定”中都設有“相互協商程式”條款。具體程式如下： (1) 當一個人認為締約國一方或雙方的措施將對其產生不符合協定的徵稅時，可以將案情提交其本人為居民或國民的締約國主管當局。案情的提交必須從第一次不符合協定徵稅通知起在三年之內提出。(2) 主管當局認為提出的意見合理而又不能單方面滿意解決時，應設法與締約國另一主管當局相互協商。達成協定的執行不受締約國國內法律時間限制。(3) 締約國雙方主管當局相互協商設法解決在解釋和實施協定時發生的困難和疑義。也可為避免未規定的雙重徵稅進行協商。(4) 締約國雙方主管當局為使以上各項達成協定，可以直接相互聯繫。
《聯合國協定範本》建議： 為執行上述的相互協商程式，主管當局應協商確定適當的雙邊程式、條件、方法和技術。 主管當局還可以設法採取適當的單邊程式、條件、方法和技術，以促進上述雙邊行動和相互協商程式的執行。而《經合發組織協定範本》則建議： 當認為達成協定需要口頭交換意見時，可以通過締約國雙方主管當局指 派代表組成的委員會進行。我國同其他國家簽訂的避免雙重徵稅協定中，都參照以上兩個基本規定的協商程式訂定了具體的有關協商程式條款。
