健康女性的陰道中寄居有50多種、約7×108個微生物（包括需氧菌與厭氧菌），也是一個微生態。需氧菌包括：陰道桿菌（占優勢）、棒桿菌、非溶血性鏈球菌、腸球菌、表皮葡萄球菌、大腸桿菌和加德納爾菌。厭氧菌包括消化球菌、消化鏈球菌、類桿菌、梭桿菌等。此外還有支原體及念珠菌。陰道內的微生物以乳桿菌為主，占總微生物量的90%－95%。健康女性陰道中常見分離的乳桿菌有脆弱乳桿菌（L.crispatus）、詹氏乳桿菌(L.jensenii)、格氏乳桿菌( L.gasseri)、發酵乳桿菌和陰道乳桿菌等。
陰道中這些菌群形成一種平衡的生態。當機體免疫力低下，內分泌水平變化或外來某種因素（組織損傷、性交等）破壞了這種微生態平衡，這些常住菌群中的有害菌便會衝破陰道黏膜屏障而引起感染。目前全球有10億女性受到陰道和尿道不適的困擾。
雖然都是乳桿菌，但陰道內乳桿菌和消化道內乳桿菌還是有些不同。首先陰道乳桿菌的數量遠遠少於腸道乳桿菌，雙歧桿菌數量不像腸道中比例那么大。其次，較顯著的就是定植於腸道的益生菌很多都不能定植於陰道黏膜。還有最重要的一點就是，腸道益生菌必須對胃酸、膽汁和胰腺分泌物具有很強的耐受性才能到達腸道而起到益生作用。但當維持陰道菌群平衡使用塗抹或灌注方法時，無需對胃酸、膽汁和胰腺分泌物具有很強的耐受性。一般的產酸的乳桿菌就能發揮一定作用。此外口服益生菌優酪乳等製品也能減少陰道感染。
陰道中正常的酸性環境就是由這些乳桿菌來維持的。酸性可以抑制病原微生物的生長。陰道中乳桿菌最具有實際意義的就是產生過氧化氫或細菌素等抗菌物質。這樣可以預防和治療各種感染（如衣原體感染、淋病和酵母感染）和炎症（如細菌性陰道炎）。陰道是愛滋病毒的主要傳播途徑之一。某些益生菌產生抗菌物質可以殺死HIV病毒。這樣能對愛滋病的傳播起到一定的阻礙作用。多項臨床研究顯示食用嗜酸乳桿菌優酪乳可以減少陰道酵母的感染。德國的一項使用乳桿菌治療滴蟲性陰道炎的研究顯示了97%的治癒率。Eschanbach等報導，對67名細菌性陰道炎患者和28名健康婦女陰道乳桿菌進行比較，顯示在健康婦女中陰道的96%的乳桿菌為產過氧化氫的菌株，而從細菌性陰道炎患者中分離的乳桿菌絕大多數是不產過氧化氫的乳桿菌，其產過氧化氫的乳桿菌只占6%。
陰道炎是陰道菌群失調的局部表現，陰道內消毒和上消炎藥是個誤區，原因是這些藥物在殺死致病菌的同時，也殺死了起自潔作用的正常陰道菌群，所以只能取得暫時緩解，由於失去正常菌群的保護，新一輪感染很快出現，導致遷延反覆。常見炎症有四種：葡萄球菌比例增加，我就說是細菌性陰道炎；衣原體比例增加，我就稱之衣原體性陰道炎；陰道內出現滴蟲我們就稱為滴蟲性陰道炎；陰道內出現黴菌，就叫他黴菌性陰道炎。同時也存在多重感染。
白色念珠菌（Candida albicans，一種真菌）感染而引起陰道炎是比較常見的一種，其特點是陰道分泌物引起劇癢及灼熱感。人們早就認識到灌注優酪乳可以殺死想起感染的真菌。健康狀況下，陰道乳桿菌將糖原轉化成乳酸，使陰道酸鹼度即PH值保持在4.0至4.5之間，這樣，有效地抑制念珠菌及其他有害菌的生長繁殖。一旦有益菌失去優勢，造成陰道菌群平衡失調，念珠菌就會大量繁殖，引起真菌感染，厭氧菌可增加上千倍，厭氧菌與需氧菌之比可達100:1到1000:1。
近年來流行一種陰道菌群置換術療法。陰道菌群置換術是採用消毒殺菌劑把陰道內包括正常菌群在內的所有微生物殺死後，換上分離自陰道經純培養的乳桿菌，使陰道PH維持在3－4之間，抑制其他微生物的繁殖，以維持陰道正常環境。
除了合理生活保健之外，益生菌正是為女性健康保駕護航的有力武器。
