發行庫管理是根據發行庫制度的規定而實施的業務管理工作。由於發行庫保管著發行基金等大量國家重要財產，因此對其要實行嚴格的管理。主要有： ①發行基金調撥手續的印證採用預留印鑑的辦法。發行基金調撥行取送發行基金，必須攜帶根據調撥命令填制的發行基金調撥憑證、發行基金調撥專用介紹信、本人工作證件，方能辦理。辦理出庫時，由調出庫填制發行基金運送憑單。發行庫凡發生出入庫時，中心支庫以上的發行庫實行三人管庫，必須在當日營業終了結庫，保證賬實相符。
②發行庫實行雙人管庫，同進同出制度。對辦理庫務業務 (包括臨時從事出入庫業務) 的人員，經發行庫行審查，發給出入庫標誌、證件 (臨時人員使用後收回)，以嚴格管理。非管庫、庫務、查庫人員因特殊需要入庫，必須由該人員所在單位向發行庫行提出申請和提供申請人員政審證明，並由發行庫行報上級行批准後方可辦理入庫手續。進入庫房的任何非管庫人員都必須遵守庫房管理有關規定，佩戴出入庫標誌，並辦理登記手續，以備查考。③發行庫建立檢查制度。有查庫資格的僅限於上級行查庫介紹信註明人員和發行庫行有關人員。上級行和發行庫行定期、不定期對轄內發行庫和本行庫進行檢查。發行庫行年終必須按要求由庫主任組織有關部門進行檢查。被查庫的管庫人員必須按要求出示賬簿、提供情況、共同清點實物，不得以任何理由拖延、拒絕。上級行查庫必須開具查庫介紹信。④發行庫管理屬於特殊崗位，對工作人員要實行特殊管理。要選派熱愛本職、默默奉獻，竭誠服務、恪守信譽，廉潔奉公、一塵不染，兢兢業業、團結實幹，忠於職守、敢於鬥爭的人員充實到庫務管理崗位。
