病原生物學安徽省重點實驗室（Anhui Provincial Key Laboratory of Microbiology & Parasitology，Anhui Medical University）於2008年11月經安徽省科技廳批覆建設，依託安徽醫科大學，並於2014年和2017年通過了科技廳組織的已驗收省重點實驗室的考核評估。
人畜共患病安徽高校省級重點實驗室（Anhui Key Laboratory of Zoonoses，Anhui Medical University）成立於2007年，是安徽醫科大學聯合安徽農業大學共同申報並立項建設的教育廳重點實驗室。
病原生物學安徽省重點實驗室現有固定研究人員21人，現任實驗室主任為沈繼龍教授。實驗室主要從事包括人獸共患病在內的感染性疾病有關的病原學的研究，例如寄生蟲、細菌等生物學特性、致病機制、疾病診斷、疫苗研發、流行病學與對策，以及某些臨床研究等。實驗室立項建設以來，實行開放、聯合、競爭、流動的運行原則，在傳染病病原學，尤其在人獸共患病的病原學及其臨床相關的研究取得了豐碩成果，同時也逐漸成為我校各類基金課題研究和人才培養的高地，先後獲得並完成了國家“973”計畫課題一項、國家“863”計畫課題一項、國家自然科學基金課題15項，以及教育部博士點基金項目、霍英東基金項目、省自然科學基金項目，以及依託項目申報的省科技廳實驗室建設課題多項；發表SCI論文50餘篇；獲得授權國家發明專利2項，主編、副主編和作為編委編寫國家規劃本科教材6部；科技專著4部。
