疏水相互作用層析是根據蛋白表面疏水性的不同，利用蛋白和疏水層析介質疏水表面可逆的相互作用來分離蛋白的方法。
疏水作用色譜（HydrophobicInteractionChromatography，HIC）是根據分子表面疏水性差別來分離蛋白質和多肽等生物大分子的一種較為常用的方法。蛋白質和多肽等生物大分子的表面常常暴露著一些疏水性基團，我們把這些疏水性基團稱為疏水補丁，疏水補丁可以與疏水性層析介質發生疏水性相互作用而結合。不同的分子由於疏水性不同，它們與疏水性層析介質之間的疏水性作用力強弱不同，疏水作用層析就是依據這一原理分離純化蛋白質和多肽等生物大分子的。
溶液中高離子強度可以增強蛋白質和多肽等生物大分子與疏水性層析介質之間的疏水作用。利用這個性質，在高離子強度下將待分離的樣品吸附在疏水性層析介質上，然後線性或階段降低離子強度選擇性的將樣品解吸。疏水性弱的物質，在較高離子強度的溶液時被洗脫下來，當離子強度降低時，疏水性強的物質才隨後被洗脫下來。
疏水相互作用層析運行所用緩衝液中的某種鹽的存在會顯著影響疏水蛋白和疏水層析介質的相互作用。高濃度的鹽會增強相互作用，而低濃度的鹽減弱相互作用。所有單個蛋白都和疏水相互作用層析介質的疏水表面相互作用，但是，隨著緩衝液中離子強度的降低，相互作用逆轉了，具有最低程度疏水性的蛋白最先被洗脫。具有最強相互作用的蛋白最後被洗脫，這需要鹽濃度降得更低來逆轉相互作用。
疏水相互作用層析填料上疏水配基和蛋白質疏水表面相互作用。在純水中，任何疏水效應都太弱而不能導致配基和蛋白之間或蛋白自身的相互作用。然而，某些鹽能增強疏水相互作用，加入這些鹽導致到疏水相互作用的結合（吸附）。對於選擇性洗脫，鹽濃度逐步的降低，樣品組分根據疏水性的依次洗脫。
溶液中高離子強度可以增強蛋白質和多肽等生物大分子與疏水性層析介質之間的疏水作用。利用這個性質，在高離子強度下將待分離的樣品吸附在疏水性層析介質上，然後線性或階段降低離子強度選擇性的將樣品解吸。疏水性弱的物質，在較高離子強度的溶液時被洗脫下來，當離子強度降低時，疏水性強的物質才隨後被洗脫下來。
疏水相互作用層析運行所用緩衝液中的某種鹽的存在會顯著影響疏水蛋白和疏水層析介質的相互作用。高濃度的鹽會增強相互作用，而低濃度的鹽減弱相互作用。所有單個蛋白都和疏水相互作用層析介質的疏水表面相互作用，但是，隨著緩衝液中離子強度的降低，相互作用逆轉了，具有最低程度疏水性的蛋白最先被洗脫。具有最強相互作用的蛋白最後被洗脫，這需要鹽濃度降得更低來逆轉相互作用。
疏水相互作用層析填料上疏水配基和蛋白質疏水表面相互作用。在純水中，任何疏水效應都太弱而不能導致配基和蛋白之間或蛋白自身的相互作用。然而，某些鹽能增強疏水相互作用，加入這些鹽導致到疏水相互作用的結合（吸附）。對於選擇性洗脫，鹽濃度逐步的降低，樣品組分根據疏水性的依次洗脫。
