甲基化干擾檢驗是根據DMS(硫酸二甲酯)能夠使DNA分子中裸露的鳥嘌呤(G)殘基甲基化，而六氫吡啶又會對甲基化的G殘基作特異性的化學切割這一原理設計的另一種研究蛋白質同DNA相互作用的實驗方法。用DMS處理靶DNA使之局部甲基化(平均每條DNA只發生一個G鹼基甲基化作用)同細胞蛋白質提取物一起進行溫育，促進使DNA與蛋白質的結合。
甲基化的G殘基被切割:因為轉錄因子蛋白質笑棵只能甩熱少夠同未發生甲基化的正常的結合位點結合，所以在勸虹希紙轉錄因子DNA結合位點序列店霉埋中的G殘基如果被DMS甲基化之後，轉錄因子盼設燥就無法同其結合位點(順式元件)發生結合作用，從而使得譽您蒸雅結合位點中的G殘基同樣也要被六氫吡啶提嫌槓切割。
