瓊海市農業綜合開發辦公室是獨立的法人單位，黨組隸屬市財政局，為財政全額撥款，負責全市農業綜合開發實施和管理工作。核定全額事業編制6名。單位領導崗位2個，其中：正職1個，副職1個；其他管理人員崗位4個。
瓊海市農業綜合開發辦公室主要職責
（一）貫徹執行國家、省農業綜合開發的政策和法規。調查全市農業後備資源和編制農業綜合開發總體規劃。
（二）負責農業綜合開發項目立項前的調查準備，建立項目庫，確定推薦項目和組織評估論證等。
（三）負責農業綜合開發年度項目實施計畫編制、申報。
（四）負責農業綜合開發工程實施和項目驗收、落實工程管護主題等。
（五）負責支持、扶持輻射面廣、帶動性強的重點龍頭項目，發展產業化經營。
（六）負責農業綜合開發資金的籌集、管理、有償資金回收。
（七）負責全市農業綜合開發的人員培訓、統計、文檔及信息管理工作。
（八）承辦上級主管部門交辦的其他工作。
