港珠澳大橋口岸採用“三地三檢”模式,分別由香港、珠海、澳門三方各自建設、各自獨立管轄珠海公路口岸分為旅檢區、貨檢區兩部分。其中,旅檢區占地面積為35.6萬平方米,包括珠港旅檢樓、珠澳旅檢樓、出境入境隨車人員驗放廳等,旅檢樓設珠港進出、珠澳進出共四個旅檢大廳;貨檢區占地面積為23.4萬平方米,包括車輛緩衝區、候檢場、查驗平台等。車輛通關方面,貨車通道共30條,進出境各2個查驗平台;客車通道共48條,進出境各1個查驗平台
根據港珠澳大橋建設方案,香港進入內地、澳門往返內地的旅客、車輛和貨物經大橋通關手續在人工島口岸辦理。西人工島口岸自從開工建設以來,拱北作為人工島珠海公路口岸,開展24小時通關全天候工作,以建設最智慧型、最便捷的一流口岸為各項建設和籌備工作正在有條不紊推進,體現最新技術的大型監管設施設備陸續進場;包括“一站式”卡口系統在內的七大平台、近百個系統正在開發中