深圳市軌道交通建設指揮部辦公室是深圳市交通運輸委員會直屬單位。
1.貫徹執行國家、省、市軌道交通（含有軌電車，下同）方面相關法律、法規、規章、政策、規範和標準，起草相關的地方性法規、規章，擬訂相關的地方性規範和標準，經批准後組織實施。
2.承擔市軌道交通建設指揮部日常工作；負責全市軌道交通規劃、設計、建設、運營的日常事務協調管理。
3.負責制定軌道交通年度建設計畫並牽頭組織實施；負責統籌部署並監督檢查各區、各部門和各建設單位完成軌道交通及配套樞紐等相關工程建設工作任務，行使協調、服務、監督、檢查的職責。
4.負責統籌協調城市軌道交通遠景網路規劃、近期建設規劃、詳細規劃、年度建設計畫的編制、申報、組織實施等工作；負責牽頭開展軌道交通相關綜合交通樞紐方案、網路資源最佳化配置和綜合共享利用方案等的研究工作，並組織實施。
5.負責組織開展軌道交通項目工程可行性研究、社會穩定風險評估工作；負責城市軌道交通項目初步設計政府審查工作；負責開展有軌道電車、單軌、磁懸浮等新的軌道交通方式套用前景研究。
6.負責組織推動軌道交通及相關工程的建設工作，統籌協調建設過程中的工期籌劃、進度、安全、質量、文明施工、征地拆遷、管線遷移、交通疏解等工作。
7.負責對外軌道交通工程項目建設協調工作；組織開展本市境內國家鐵路、城際鐵路、跨境鐵路的線、站位規劃、設計、建設、投融資、征地拆遷、運營的研究工作並統籌協調相關問題。
8.牽頭組織城市軌道交通新線開通試運營政府驗收工作；負責開展試運營前安全評價和試運營基本條件評審工作。
9.依據授權，負責城市軌道交通運營秩序和服務質量監管工作。負責監督管理城市軌道交通運營企業運營計畫、運營秩序、服務質量、站點管理等運營服務情況；負責審查城市軌道交通運營服務標準，並監督實施；負責城市軌道交通運營情況的評估和服務質量投訴處理工作；負責協調城市軌道交通的運營銜接、配合；參與制定城市軌道交通與其他交通運輸方式的銜接和最佳化方案；參與軌道交通價格制定。
10.依據授權，承擔軌道交通行業運營安全監督責任。負責監督檢查、督促運營企業落實安全主體責任；負責指導、協調、督促運營單位對軌道交通事故調查、分析和處理，參與事故調查、分析和處理；負責監督影響軌道交通運營安全和運營服務的經營活動。
11.負責預測、分析重大節假日、重大活動等特殊期間的軌道交通客流，指導經營管理單位編制疏導客流服務方案；負責軌道交通運營數據的收集、匯總、分析和上報工作。
12.按照城市軌道交通突發事件應急預案規定，開展軌道交通突發性事故相應的處理工作。
13.承擔職責範圍內的環境保護、節能減排、安全生產監管和應急維穩等工作。
14.負責牽頭制定本板塊業務規範、業務標準、工作分工和工作規則。
15.完成上級交辦的其他工作。
