深圳市港澳流動漁民工作辦公室是深圳市經信委直屬單位。
一、貫徹執行國家有關港澳流動漁民工作的方針、政策、規定，草擬我市港澳流動漁民工作的規定、條例。
二、協調港澳流動漁民與內地漁民的關係，維護港澳流動漁民的合法權益；對流動漁民的重大海事和生產糾紛進行調查，提出處理意見。
三、負責港澳流動漁民在海上作業及進港避風、補給、賣魚、就醫等有關協調工作。
四、宣傳、貫徹新《漁業法》，指導港澳流動漁民調整、最佳化產業結構，開發中深海漁場和水產養殖業，發展"三高"漁業；抓好港澳流動漁船伏季休漁制度的貫徹落實工作。
五、負責港澳流動漁民雇用境內漁工的管理工作，協同公安邊防部門審核發放有關證件。
六、協助有關部門加強邊防、戶籍、金融、稅務、漁監、漁政工作的管理，打擊走私、外逃、販槍販毒等犯罪活動，維護海邊防安全。
七、負責與香港、澳門特別行政區政府有關部門就港澳流動漁民管理工作建立聯繫機制，做好港澳流動漁民統戰工作。
八、承擔市委、市政府與上級交辦的其它事項。
