范·海爾蒙特是帕拉塞爾蘇斯的崇拜者這一身份使爭論偏離了正常軌道,1623年魯汶醫學行會譴責范·海爾蒙特此書是一本罪惡的小冊子。1625年西班牙宗教裁判所則認定他的著作中的二十餘條說法有異端的嫌疑,禁止他的著作出版。1627年和1630年范·海爾蒙特兩次承認自己有過錯,但在同時期他寫給馬蘭·梅森的信中可以看出,他的基本觀點並無改變。1634年3月他因“藉助化學哲學在世上傳播黑暗”被捕入獄四天,後來一直被軟禁到1642年。1644年他出版了自己的荷蘭語著作《Dageraad ofte Nieuwe Opkomst der Geneeskunst》 (《黎明,或稱醫學的新興》)。同年冬天,范·海爾蒙特自知不起,囑咐兒子弗朗西斯科斯·墨丘里爾斯·范·海爾蒙特(英語:Franciscus_Mercurius_van_Helmont)要把自己的其它著作整理出版。
身後
1646年范·海爾蒙特去世兩年之後,才被平反。1648年他兒子以拉丁文出版了《Ortus medicinae, vel opera et opuscula omnia (《醫學的源頭,或稱全集》),匯集了《黎明,或稱醫學的新興》的主要內容和范·海爾蒙特的其他作品,頓時成為17世紀影響很大的醫學著作,被翻譯成各國語言,到1707年為止出了五版。在這本書里,范·海爾蒙特批評亞里斯多德和蓋倫在對自然現象的研究中使用了過多地數學理論,認為星象對病人的疾病只有間接的影響而非直接的對應關係,自然現象和疾病均來自於“blas”,他用這個詞表達一種運動的力量,不同的物質如人體、植物、礦產具有不同種的blas,故顯示出不同。他還提到了他對消化過程的看法,當時普遍的觀點認為是身體給予的熱量消化了攝入的食物,范·海爾蒙特問道“那冷血動物將如何生存?”,據此他認為應該是身體產生的某種化學物質幫助消化了食物。