浙江省水資源監測中心成立於1978年3月，前身為浙江省水文總站水質監測科。1992年10月根據浙江省水利廳的《關於成立浙江省水資源監測中心的通知》（浙水人[1992]字第379號），成立了浙江省水資源監測中心，1996年3月根據水利部水文司《關於水環境監[檢]測機構計量認證網點定名的通知》（水文質[1994]28號文）的要求，更名為浙江省水環境監測中心（網點）。同年5月，通過了由國家計量認證水利評審組的計量認證評審，8月，獲得國家技術監督局頒發的計量認證合格證書。2001年7月通過了國家計量認證水利評審組的複查評審。2005年5月，根據浙江省機構編制委員會辦公室《關於印發〈浙江省水文局機構編制方案〉的通知》（浙編辦[2004]13號）精神，並報請中國國家認證認可監督管理委員會批准，浙江省水環境監測中心更名為“浙江省水資源監測中心”。2006年9月再次通過了國家計量認證水利評審組五年一度的複查評審。
