作為國內首家長城研究的專業機構，長城研究院的長期目標是全面、完整、系統地研究與長城相關各項內容。主要包括：長城歷史地圖和現代地圖，長城區域各歷史時期地質、地理、氣候水文環境及經濟文化類型，長城地區民族與民族政權等；長城勘察、長城資源勘查與開發、長城生態地質環境承載力評價、農業地質環境區劃、第四紀地貌與氣候重建、環長城綠色經濟帶研究等；作為軍事防禦體系，研究包括邊略、邊政、戰事、兵器裝備、後勤保障，長城邊鎮、關隘和堡寨等；作為建築，研究包括選址與布局、建築結構、建築材料、建築方法、實測圖例等；作為世界文化遺產，研究包括保護和利用等相關內容；古文獻中有關於長城的大量記載需要深入研究，包括官修史書、邊塞志書、兵書、銘文碑碣有關長城的內容；長城精神、長城和平文化、長城文學藝術等內容。對傳統的基於歷史和軍事角度的長城研究拓展出新的研究領域，對於促進國內外長城研究事業具有重要意義。
