《江河湖庫水系綜合整治資金使用管理暫行辦法》是財政部為加強江河湖庫水系綜合整治資金管理、提高資金使用的規範性、安全性和有效性制定的辦法。
第一條 為加強江河湖庫水系綜合整治資金管理，提高資金使用的規範性、安全性和有效性，根據《中華人民共和國預算法》和《中央對地方專項轉移支付管理辦法》（財預〔2015〕230號）等制度規定，制定本辦法。
第二條 本辦法所稱江河湖庫水系綜合整治資金是指中央財政預算安排，用於江河湖庫整治、水系連通等水生態文明建設與水資源節約保護的專項資金（以下簡稱專項資金）。專項資金的分配、使用、管理和監督適用本辦法。
第三條 專項資金由財政部會同水利部負責管理。水利部負責組織專項資金支持的相關規劃、實施方案的編制和項目審核，研究提出資金分配方案，指導地方做好項目管理和加快預算執行等相關工作。財政部負責覆核資金分配方案並下達資金，指導地方加強資金管理等相關工作。
地方水利部門負責具體編制專項資金支持的相關規劃、實施方案和項目審核，研究提出資金分配方案，組織做好項目前期工作和項目實施等相關工作，督促專項資金使用部門（單位）加快預算執行，確保建設任務按期完成。地方財政部門參與專項資金支持的相關規劃、實施方案編制及項目審核，會同同級水利部門分解下達資金，在規定時間內落實到具體部門（單位）和具體項目，組織做好資金管理等相關工作。
第四條 專項資金使用範圍包括：
（一）中小河流治理及重點縣綜合整治。主要用於中小河流堤防加固和新建、河道清淤疏浚、護岸護坡、穿堤建築物建設、拓寬整治及生態修復等。
（二）小型水庫建設。主要用於列入相關規劃的新建小型水庫工程建設。
（三）江河湖庫水系連通。主要用於江河湖庫調水引流、清淤疏浚、涵閘修建及改造、生態護坡護岸、水生態系統保護與修復工程建設。優先支持水生態文明建設試點區域的江河湖庫水系連通。
（四）水資源節約和保護。主要用於水資源監控能力建設、水量水質監測儀器設備購置等。
專項資金不得用於移民征地、城市景觀、人員補貼、交通工具和辦公設備購置，以及樓堂館所建設等支出。
第五條 專項資金主要採取因素法分配，對黨中央、國務院批准的重點建設任務以及部分通過項目法分配的支出採取定額補助，具體如下：
（一）用於中小河流治理及重點縣綜合整治、水資源節約和保護的支出部分，採取因素法分配。其中，建設任務的權重占50%，以水利部、財政部確定的規劃建設任務為依據；績效因素的權重占50%，以財政部、水利部績效評價結果或項目建設進展情況等為依據。
（二）用於小型水庫建設的支出部分，按照全國抗旱規劃及有關實施方案確定的建設任務，定額安排補助資金。
（三）用於江河湖庫水系連通的支出部分，按照突出重點、合理布局、目標管理、注重績效的原則，採用項目法分配。
第六條 採用項目法分配的資金，由水利部會同財政部發布申報通知，明確項目申報主體、申報範圍和申報條件。各省（自治區、直轄市、計畫單列市，以下統稱省）水利、財政部門聯合向水利部、財政部報送項目申請檔案，並抄送財政部駐當地財政監察專員辦事處（以下簡稱專員辦）。專員辦審核駐地省級水利、財政部門報送的申報材料，提出審核意見和建議報送財政部。水利部綜合考慮專員辦意見，通過專家評審、集體決策、向社會公示等程式，擇優確定項目，並參照相關項目補助標準提出資金分配方案報財政部。
第七條 財政部會同水利部對專項資金使用情況開展績效評價，評價結果作為專項資金分配的重要因素。
第八條 專項資金預算由財政部商水利部按法定程式下達。財政部應當在上年10月31日前將專項資金預計數提前下達省級財政部門，並於當年在全國人大批准中央預算後90日內下達完畢。
安排新疆生產建設兵團和水利部直屬單位的專項資金，分別納入新疆生產建設兵團、水利部預算，按照有關規定執行。
第九條 結轉結餘的資金，按照《中華人民共和國預算法》和其他有關結轉結餘資金管理的相關規定處理。
第十條 納入國家相關規劃的項目，地方採用先建後補方式開展項目建設的，可按照財預
[2015]230號檔案第三十七條的有關規定進行資金歸墊。
第十一條 專項資金支付按照國庫集中支付制度有關規定執行。屬於政府採購管理範圍的，按照政府採購有關法律法規規定執行。屬於政府和社會資本合作項目的，按照國家有關規定執行。
第十二條 財政部、水利部對專項資金使用情況進行不定期檢查，並將檢查結果作為績效評價的重要參考。
專員辦按照工作職責和財政部要求，開展專項資金有關預算監管工作，重點核查專項資金的分解和落實、按項目法分配資金的申報資料等，並按照相關要求及時報送審核意見和建議。
地方各級財政、水利部門應當加強對專項資金使用管理情況的監督檢查。專項資金使用單位，應當自覺接受審計部門、財政部門、行業主管部門等的監督檢查。
第十三條 任何單位或個人不得騙取、截留、挪用專項資金。對專項資金使用管理中存在財政違法行為的單位及個人，按照《中華人民共和國預算法》和《財政違法行為處罰處分條例》追究法律責任。
第十四條 本辦法由財政部會同水利部負責解釋。各省財政、水利部門可結合實際，制定實施細則。
第十五條 本辦法自2016年4月8日起施行。《全國中小河流治理項目和資金管理辦法》（財建〔2011〕156號）、《中小河流治理重點縣綜合整治項目和資金管理暫行辦法》（財建〔2012〕671號）中有關資金分配、使用、管理和監督的內容同時廢止。
