基本介紹
- 書名：比較基因組學手冊:原理與方法
- 作者：C.薩科內 (Cecilia Saccone)
- 出版社：化學工業出版社
- 頁數：389頁
- 開本：16
- 品牌：化學工業出版社
- 外文名：Handbook Of Comparative Genomics Principles And Methodology
- 類型：科學與自然
- 出版日期：2008年7月1日
- 語種：簡體中文
- ISBN：7122020851, 9787122020857
基本介紹,內容簡介,作者簡介,圖書目錄,
基本介紹
內容簡介
《比較基因組學手冊:原理與方法》對於生物醫學、藥學等相關領域的研究人員也有閱讀參考價值。從事遺傳學、分子生物學、發育生物學和進化生物學的研究工作的高校師生及其他研究人員，從書中可以獲悉各類基因組的重要特徵以及許多很實用的基因組學實驗方法。
作者簡介
作者：(義大利)C.薩科內(Cecilia Saccone) (義大利)G.佩索萊(Graziano Pesole) 譯者：王進 嚴明
圖書目錄
上篇 基因組特性
第1章 原核生物
1.1 引言
1.2 形態和分類
1.3 基因組的形狀和大小
1.4 基因數目和組成方式
1.5 鹼基組成
1.6 密碼子的使用
1.7 複製和表達
第2章 真核生物
2.1 引言
2.2 真核生物的分類與時間尺度
2.3 基因組的形狀和大小
2.4 鹼基組分
2.5 複製、修復和重組
2.6 基因表達
2.6.1 轉錄與轉錄後調控
2.6.2 遺傳密碼和密碼子的使用
2.6.3 翻譯與翻譯後修飾
2.7 完整測序的真核生物基因組
2.7.1 釀酒酵母基因組
2.7.2 粟酒裂殖酵母基因組
2.7.3 線蟲基因組
2.7.4 黑腹果蠅基因組
2.7.5 擬南芥基因組
2.7.6 水稻基因組
2.7.7 人基因組
第3章 細胞器
3.1 線粒體
3.1.1 一般結構和功能
3.1.2 DNA與遺傳系統
3.1.3 基因組的特徵
3.2 葉綠體和其他質體
中篇 方法學
第4章 基因組學中的分子生物學技術
4.1 基因組DNA測序
4.1.1 DNA測序技術
4.1.2 人類基因組計畫
4.2 轉錄組分析
4.2.1 基因表達分析
4.2.2 表達序列標籤
4.2.3 基因表達序列分析
4.2.4 差異顯示
4.2.5 表現度示差分析
4.2.6 DNA微陣列
4.3 蛋白質組分析
4.3.1 二維凝膠電泳
4.3.2 蛋白質鑑定
4.3.3 蛋白質-DNA和蛋白質-蛋白質相互作用的研究
4.3.4 生物晶片法分析蛋白質組
第5章 基因組時代的生物學資料庫
5.1 引言
5.2 基礎資料庫和專業化的資料庫
5.3 資料庫結構
5.4 資料庫連結與互通性
5.5 資料庫注釋
5.6 檢索系統
5.6.1 SRS
5.6.2 Entrez
5.6.3 其他檢索系統
5.7 核酸資料庫
5.8 蛋白質資料庫
5.9 其他蛋白質資料庫
5.10 基因組資料庫和資源
5.11 基因資料庫與資源
5.12 轉錄組資料庫
5.13 代謝組資料庫
5.14 突變資料庫
5.15 線粒體資料庫和資源
第6章 基因組序列分析的計算方法
6.1 引言
6.2 點陣圖
6.3 兩序列比對
6.3.1 Needleman-Wunsch全局比對算法
6.3.2 Smith-Waterman算法
6.3.3 cDNA以及基因組DNA序列的比對
6.3.4 基因組比對
6.3.5 清除序列庫中的冗餘序列
6.3.6 同源序列相似度的計算
6.4 資料庫搜尋
6.4.1 FASTA
6.4.2 BLAST
6.4.3 BLAST和FASTA程式包
6.4.4 過濾不需要的序列匹配塊
6.4.5 重複序列匹配的過濾
6.4.6 比對分值的統計學意義
6.5 多序列比對
6.6 可識別遠源相關蛋白或蛋白質模組的比對譜
6.7 序列的組裝方法
6.7.1 序列的淨化
6.7.2 序列的聚類
6.7.3 構建一致序列
6.7.4 用電子PCR繪製序列圖譜
6.7.5 基因組和EST項目的序列組裝
6.7.6 構建用於基因索引的組裝序列
6.8 生物序列的語言學分析
6.8.1 馬爾可夫鏈式生物序列
6.8.2 生物序列語言的複雜度
6.8.3 基因組重複序列的識別
6.8.4 生物序列中的模式搜尋
6.8.5 識別染色體序列中的啟動子區域
6.8.6 發掘識別基因調控元件和蛋白質模組組件的模式
6.8.7 基因預測
6.8.8 基因組序列中CpG島的識別
6.8.9 密碼子使用策略分析
6.9 RNA二級結構預測
6.10 蛋白質序列分析
6.10.1 蛋白質一級序列的分析
6.10.2 預測跨膜蛋白螺旋
6.10.3 蛋白質信號肽的識別及亞細胞定位的預測
6.10.4 蛋白質二級結構的預測
6.10.5 預測捲曲螺旋和螺旋一轉角一螺旋結構
6.10.6 蛋白質三級結構預測
6.10.7 蛋白質摺疊的識別與分類
6.10.8 蛋白質功能預測的基因組比較工具
6.11 進化與系統發育分析
6.11.1 同源序列間遺傳距離的評價
6.11.2 分子系統發育學
下篇 比較基因組學
第7章 分子進化
7.1 引言
7.2 基因組尺寸的進化
7.3 鹼基組分在進化中的作用
7.4 原核基因組的進化
7.5 從原核生物到真核生物
7.5.1 真核細胞的起源
7.5.2 線粒體基因組的進化
7.5.3 質體的起源與進化
7.6 從單細胞到多細胞
7.7 核基因組的進化
7.7.1 內含子
7.7.2 基因數目和蛋白質數目
7.7.3 非編碼元件
7.7.4 基因家族的擴展
7.7.5 基因組倍增
7.7.6 結論
第8章 分子系統發育學
8.1 引言
8.2 分子鐘
8.3 相似性測量：直系同源與旁系同源
8.4 基因組學時代的分子系統發育學
8.5 遠源物種間的相互關係：進化樹
8.6 後生動物的系統發育
8.6.1 細胞器分類學與核分類學
8.6.2 哺乳動物系統發育
附錄 本書引用的URL
參考文獻
索引
譯後記
第1章 原核生物
1.1 引言
1.2 形態和分類
1.3 基因組的形狀和大小
1.4 基因數目和組成方式
1.5 鹼基組成
1.6 密碼子的使用
1.7 複製和表達
第2章 真核生物
2.1 引言
2.2 真核生物的分類與時間尺度
2.3 基因組的形狀和大小
2.4 鹼基組分
2.5 複製、修復和重組
2.6 基因表達
2.6.1 轉錄與轉錄後調控
2.6.2 遺傳密碼和密碼子的使用
2.6.3 翻譯與翻譯後修飾
2.7 完整測序的真核生物基因組
2.7.1 釀酒酵母基因組
2.7.2 粟酒裂殖酵母基因組
2.7.3 線蟲基因組
2.7.4 黑腹果蠅基因組
2.7.5 擬南芥基因組
2.7.6 水稻基因組
2.7.7 人基因組
第3章 細胞器
3.1 線粒體
3.1.1 一般結構和功能
3.1.2 DNA與遺傳系統
3.1.3 基因組的特徵
3.2 葉綠體和其他質體
中篇 方法學
第4章 基因組學中的分子生物學技術
4.1 基因組DNA測序
4.1.1 DNA測序技術
4.1.2 人類基因組計畫
4.2 轉錄組分析
4.2.1 基因表達分析
4.2.2 表達序列標籤
4.2.3 基因表達序列分析
4.2.4 差異顯示
4.2.5 表現度示差分析
4.2.6 DNA微陣列
4.3 蛋白質組分析
4.3.1 二維凝膠電泳
4.3.2 蛋白質鑑定
4.3.3 蛋白質-DNA和蛋白質-蛋白質相互作用的研究
4.3.4 生物晶片法分析蛋白質組
第5章 基因組時代的生物學資料庫
5.1 引言
5.2 基礎資料庫和專業化的資料庫
5.3 資料庫結構
5.4 資料庫連結與互通性
5.5 資料庫注釋
5.6 檢索系統
5.6.1 SRS
5.6.2 Entrez
5.6.3 其他檢索系統
5.7 核酸資料庫
5.8 蛋白質資料庫
5.9 其他蛋白質資料庫
5.10 基因組資料庫和資源
5.11 基因資料庫與資源
5.12 轉錄組資料庫
5.13 代謝組資料庫
5.14 突變資料庫
5.15 線粒體資料庫和資源
第6章 基因組序列分析的計算方法
6.1 引言
6.2 點陣圖
6.3 兩序列比對
6.3.1 Needleman-Wunsch全局比對算法
6.3.2 Smith-Waterman算法
6.3.3 cDNA以及基因組DNA序列的比對
6.3.4 基因組比對
6.3.5 清除序列庫中的冗餘序列
6.3.6 同源序列相似度的計算
6.4 資料庫搜尋
6.4.1 FASTA
6.4.2 BLAST
6.4.3 BLAST和FASTA程式包
6.4.4 過濾不需要的序列匹配塊
6.4.5 重複序列匹配的過濾
6.4.6 比對分值的統計學意義
6.5 多序列比對
6.6 可識別遠源相關蛋白或蛋白質模組的比對譜
6.7 序列的組裝方法
6.7.1 序列的淨化
6.7.2 序列的聚類
6.7.3 構建一致序列
6.7.4 用電子PCR繪製序列圖譜
6.7.5 基因組和EST項目的序列組裝
6.7.6 構建用於基因索引的組裝序列
6.8 生物序列的語言學分析
6.8.1 馬爾可夫鏈式生物序列
6.8.2 生物序列語言的複雜度
6.8.3 基因組重複序列的識別
6.8.4 生物序列中的模式搜尋
6.8.5 識別染色體序列中的啟動子區域
6.8.6 發掘識別基因調控元件和蛋白質模組組件的模式
6.8.7 基因預測
6.8.8 基因組序列中CpG島的識別
6.8.9 密碼子使用策略分析
6.9 RNA二級結構預測
6.10 蛋白質序列分析
6.10.1 蛋白質一級序列的分析
6.10.2 預測跨膜蛋白螺旋
6.10.3 蛋白質信號肽的識別及亞細胞定位的預測
6.10.4 蛋白質二級結構的預測
6.10.5 預測捲曲螺旋和螺旋一轉角一螺旋結構
6.10.6 蛋白質三級結構預測
6.10.7 蛋白質摺疊的識別與分類
6.10.8 蛋白質功能預測的基因組比較工具
6.11 進化與系統發育分析
6.11.1 同源序列間遺傳距離的評價
6.11.2 分子系統發育學
下篇 比較基因組學
第7章 分子進化
7.1 引言
7.2 基因組尺寸的進化
7.3 鹼基組分在進化中的作用
7.4 原核基因組的進化
7.5 從原核生物到真核生物
7.5.1 真核細胞的起源
7.5.2 線粒體基因組的進化
7.5.3 質體的起源與進化
7.6 從單細胞到多細胞
7.7 核基因組的進化
7.7.1 內含子
7.7.2 基因數目和蛋白質數目
7.7.3 非編碼元件
7.7.4 基因家族的擴展
7.7.5 基因組倍增
7.7.6 結論
第8章 分子系統發育學
8.1 引言
8.2 分子鐘
8.3 相似性測量：直系同源與旁系同源
8.4 基因組學時代的分子系統發育學
8.5 遠源物種間的相互關係：進化樹
8.6 後生動物的系統發育
8.6.1 細胞器分類學與核分類學
8.6.2 哺乳動物系統發育
附錄 本書引用的URL
參考文獻
索引
譯後記
