武漢市軌道交通運營管理辦公室是武漢市地方人民政府主管軌道交通運營管理的政府機構。
武漢市軌道交通運營管理辦公室是武漢市交通運輸委員會直屬單位。
（一）運營監管科貫徹執行國家、省和市有關軌道交通運營管理的政策法規；研究起草本市軌道交通運營管理的法規、規章和規範性檔案，開展相關政策調研；負責軌道交通運營管理日常的監督檢查和行政執法工作；負責軌道交通運營信息的調查、統計及發布；組織開展軌道交通運營服務質量的考評工作；協助組織新開通軌道交通線路的評審；參與制定軌道交通的票價政策；負責軌道交通運營單位運營計畫安排、調整的監督指導；負責軌道交通運營服務質量投訴處理的監督指導。
（二）安全督查科負責軌道交通運營安全的監督指導，組織開展相關的安全檢查；配合有關部門做好軌道交通安全保護區的有關工作；負責重大節假日、大型活動和搶險救災軌道運輸保障的協調工作；組織制定軌道交通運營突發事件應急專項預案，協調突發事件的應急處理，組織開展應急演練。依法做好軌道交通運營安全的執法工作。
（三）綜合管理科負責軌道辦日常工作的綜合協調，負責辦文辦會、文書檔案、保密機要、固定資產和財務管理工作，負責黨務、黨風廉政建設、組織人事、工會和行業精神文明建設等方面的日常工作。
