正氣是指人體抗邪的能力。正氣是中醫學中最重要、最基本的概念之一。它是指人體的機能活動（包括臟腑、經絡、氣血等功能）和抗病、康復能力而言，通常簡稱為“正”。
免疫是現代醫學的基本概念。所謂免疫，指機體的免疫系統識別“自己”與“非己”成分，並排斥異構物質的生理功能。其主要功能有以下三方面：
①防禦作用，即抗感染免疫，主要指對病原微生物的免疫作用，作用過強時表現為變態反應；
②維持機體內在平衡，如去除老死或受損傷的細胞，作用過強時表現為自身免疫病；
③免疫監督，即去除經常在體內發生的異常細胞變種，當作用減弱，如老年人，就容易出現惡性腫瘤。
正氣的功能包括免疫這一重要的功能活動。如上所述，正氣與免疫分別是兩種醫學體系中的基本概念，兩者之間有著內在的聯繫。從免疫的主要功能來看，大致相當於正氣的抗病能力。中醫學認為，正氣虧虛是疾病發生的內在根據，因此，非常重視人體正氣在疾病發生過程中的重要作用。正氣充盛，抗病力強，致病邪氣難以侵襲，疾病也就無從發生。
《素問·刺法論》說：“正氣存內，邪不可乾”。反之，當人體正氣不足，或正氣相對虛弱時，衛外功能低下，往往抗邪無力，則邪氣可能乘虛而入，導致機體陰陽失調，臟腑經絡功能紊亂，以致引發疾病。故《素問·評熱病論》說：“邪之所湊，其氣必虛”。正氣抗禦外邪入侵的這一功能，與免疫功能的防禦作用，即抵禦病原微生物感染的作用相當。正氣的抗病能力還表現為維持臟腑功能的協調、氣血的流行暢達。在中醫病因學中，特別注意內生邪氣，如痰飲、瘀血以及內生五邪等。上述邪氣，往往是臟腑功能失調，氣血失和的病理產物，又反過來影響人體，導致疾病的發生。
《丹溪心法》謂：“氣血沖和，百病不生。一有怫鬱，諸病生焉，故人身諸病多生於郁”。郁是諸多疾病自身而生的關鍵環節，故前人有“百病皆兼郁”的論斷。郁是氣血失於沖和的病理狀態，若臟腑協調、氣血沖和，則郁不能存在，而諸病亦皆難生。正氣的這一功能則與免疫功能中的維持機體內在平衡的功能相吻和。正氣失常可以致病，而免疫過強則可導致自身免疫病的發生，如常見的結締組織疾病、腎小球腎炎、腎病綜合症等。一旦體內產生了上述病理產物，人體的正氣又會奮起而抵抗之。如果正氣不足，而這些病理產物又難以迅速除盡，必然會導致邪氣愈結愈甚，同時正氣因之而耗傷，甚則危及生命。如積證的發生，常常因為情志失調，飲食失節，或感外邪，以致氣機郁滯，血行不暢，瘀血內阻，結而成塊，積漸而大，終至不治。
《素問·經脈別論》曰：“當是之時，勇者氣行則已，怯者則著而病也”。這種預防或消除體內病理產物的形成、堆積的功能，則與免疫監督相當。因此，可以說，中醫學正氣的抗病能力，包括免疫這一生理功能，但正氣只是從整體、巨觀的角度闡釋了人體免疫功能的大致內容，至於微觀、局部的內容，是正氣學說所不能闡述清楚的。
正氣不等於免疫。免疫功能是正氣的重要方面，即抗病能力，但卻不是正氣的全部內容。人體的機能活動是正氣主要的、根本的功能，也是抗病能力產生的基礎。人體的機能活動以臟腑為場所，而臟腑之中又以五臟為中心，五臟的功能活動產生了氣血，氣血又是臟腑功能活動的物質基礎。臟腑的相互聯繫、臟腑與其它組織器官的關聯、氣血的運行又以經絡為路徑。臟腑、經絡、氣血功能活動既是正氣的內容之一，同時，其功能活動又產生正氣。正氣旺盛則抗病能力強。任何疾病的發生，都必然是臟腑、經絡、氣血功能的失調，病程久延，還會導致臟腑、經絡、氣血的損傷，即正氣虧虛，因此，在疾病過程中，邪正鬥爭的同時，或邪去之後，都存在著正氣的自我恢復，從而使機體康復的過程。這種自我修復的機能，通稱康復能力，它同樣是正氣的重要組成部分。這些雖與抗病能力不同，但兩者之間卻有著密切的聯繫。抗病能力、康復能力都以臟腑、經絡、氣血的功能為基礎，都與疾病過程有關，但抗病能力與疾病的發生、發展相關，而康復能力則與疾病的痊癒相關。這些都不是免疫這一生理功能所能概括的。
總之，現代醫學免疫功能與中醫學所說的正氣的抗病能力相當，但兩者又不是能等量齊觀的概念，因此，不可將兩者的涵義混淆。
