正南龜是在1892年被敘述、命名,直到1914年首次有理論提出正南龜是現代龜鱉目的直系祖先。英格蘭動物學家David Meredith Seares Watson提出,正南龜是杯龍目與龜鱉目的演化遺失連結;在早期研究歷史中,杯龍目包含最原始的爬行動物,目前被視為是無效的雙重並系群。D. M. S. Watson建立一個名詞,古龜鱉類(Archichelone),以包含正南龜。D. M. S. Watson提出正南龜的寬廣、平坦肋骨,應該是早期四足類動物、最原始爬行動物與現代龜鱉目的過渡特徵,寬廣、平坦肋骨最終演化成現代烏龜的龜殼。在D. M. S. Watson的理論中,古龜鱉類的骨盆應該位於較後方、位於龜殼之下。但是,與其他早期四足類動物相比,正南龜的骨盆位置正常、不是位於較後方,而骨盆位於寬廣肋骨的上方、而非位於下。
自從這個理論提出後,正南龜長期被認為是現代烏龜的最早祖先,直到1940年代開始出現懷疑。在1956年,美國古生物學家阿爾弗雷德·羅默(Alfred Sherwood Romer)在他的科普書籍《Osteology of the Reptiles》里,提到正南龜缺乏足夠的證據,因此無法被歸類於龜鱉目。阿爾弗雷德·羅默將正南龜改歸類於無孔亞綱的分類未定屬。