社會福利企業、學校、醫院、幼稚園、殘疾人員個體戶、下崗失業人員從事個體經營、吸納安排下崗失業人員的企業，其符合享受流轉稅優惠政策的收入部分免徵堤圍防護費。
東府辦關於明確堤圍防護費徵收有關問題的復函
一、社會福利企業、學校、醫院、幼稚園、殘疾人員個體戶、下崗失業人員從事個體經營、吸納安排下崗失業人員的企業，其符合享受流轉稅優惠政策的收入部分免徵堤圍防護費。
二、金融、保險、供電、電信、郵政等行業按實際營業（銷售）收入繳交堤圍防護費，共繳費金額不受50萬元上限限制。
三、輸變電工程按建築業1‰標準計征堤圍防護費。《東莞市堤圍防護費徵收和管理辦法》中“供電企業管理的輸變電工程不再徵收堤圍防護圍費”是指輸變電工程不再按受益資產總值徵收堤圍防護費。
四、根據粵經貿發電[2003]90號文精神，對受非典型肺炎疫情影響嚴重的餐飲、旅店、旅遊業、集貿市場、娛樂業、航空行業、公路客運業、水路客運等行業的應徵堤圍防護費減按70%徵收，優惠時間自2003年5月1日起到9月30日止。
東莞市堤圍防護費征繳指引
一、徵收依據
《中華人民共和國防洪法》、《中華人民共和國河道管理條例》、《廣東省河道堤防管理條例》、《廣東省水利工程水費核訂、計收和管理辦法》、《東莞市堤圍防護費徵收和管理實施辦法》、《關於明確東莞市堤圍防護費徵收管理有關問題的通知》。
二、徵收範圍及繳費人
凡在本市行政區域內有生產經營收入(包括臨時性或一次性取得的生產經營收入)的單位和個人，包括內資企業、港澳台投資企業、外商投資企業、外國企業、個體經營者、行政事業單位、社會團體等均應就發生於我市的生產經營收入按照《實施辦法》繳交堤圍防護費。
負有代扣代繳流轉稅的單位和個人同時是堤圍防護費的代扣代繳義務人。
三、徵收單位
由地方稅務部門代征。
四、規費用途
堤圍防護費是行政事業性收費，納入市財政“收支兩條線”制度管理。專用於安排水利建設和管理單位經費支出。堤圍防護費的使用，必須嚴格按核准的年度預算執行，並接受物價、財政、審計部門的檢查監督。
五、徵收費率
除從事商業的單位和個人適用0.5‰外，其餘各類繳費單位均適用1‰。
六、計費依據
（一）商業性銀行按當期利息收入，保險公司按當期保險費收入，各類信託投資公司和財務公司等非銀行金融機構按當期業務收入計征。
（二）發電企業按銷售收入額，供電企業按售電收入額，分別計征。
（三）“三來一補”企業按企業的收入總額計征。
（四）除上述規定，其餘繳費單位均按營業（銷售）收入額計征。
（五）核定徵收問題：稅務部門根據《中華人民共和國稅收征管法》第三十五條、第三十七條規定，採用核定方法核定納稅人應納稅額的，納稅人計算堤圍防護費的營業（銷售）收入額由地方稅務部門依照稅務管理的有關規定進行核定，並按核定的營業（銷售）收入額計征。
七、繳費地點
堤圍防護費繳交地點與流轉稅（營業稅、增值稅）繳納地點一致，繳費單位向繳納流轉稅所在地的地方稅務部門繳交堤圍防護費。
實行匯總繳納流轉稅的企業，匯總單位或被匯總單位應按發生在我市行政區域內生產經營收入計征堤圍防護費，具體規定如下:
1.匯總單位和被匯總單位均在我市行政區域內的，匯總單位匯總部分營業（銷售）收入額應繳交的堤圍防護費由匯總單位向其所在地的地方稅務部門申報繳交。
2.匯總單位與被匯總單位不同在我市行政區域內的:
(1)匯總單位設在我市行政區域內的，匯總單位所匯總的營業（銷售）收入額可扣除非設在我市行政區域的被匯總單位的營業（銷售）收入額計征繳交；
(2)被匯總單位設在我市行政區域內的，應繳交的堤圍防護費應按其發生的營業（銷售）收入額向當地地稅部門申報繳交。
八、申報、繳費期限
繳費單位在申報繳納流轉稅期限內根據本單位當期的銷售（營業）收入向地稅部門申報繳交堤圍防護費。應繳交的堤圍防護費可在申報地方各稅時在申報表的備考欄填報，也可單獨使用《東莞市地方各稅通用納稅申報表》填報。
代扣代繳義務人在解繳代扣代繳流轉稅的同時解繳堤圍防護費。
九、繳費方式
實行按月（次、季）與流轉稅同期徵收。繳費單位進行繳納地方各稅的同時繳交堤圍防護費。因地方稅務部門從5月1日起啟動堤圍防護費徵收軟體，因此繳費單位2003年1－3月（所屬時期）應繳未繳的堤圍防護費應連同4月份（所屬時期）的應繳數一併在5月份徵收期內申報繳交；繳費方式與稅款徵收方式一致，通過銀行批量或實時扣稅的繳費單位，其銀行賬戶應預存堤圍防護費應繳金額，稅務部門將通過銀行實行稅、費一次性批量或實時扣繳。
十、票證使用
從2003年5月1日起，地稅部門統一使用稅收通用完稅憑證徵收堤圍防護費，稅、費可同票列印。
十一、減免規定
1、非盈利性的政策性銀行免徵堤圍防護費。
2、供電企業管理的輸變電工程不再徵收堤圍防護費。
3、對從事農業生產的土地暫緩徵收堤圍防護費。
4、除市人民政府外，任何單位、個人均無權減免堤圍防護費。各鎮區政府、有關單位、個人等已作出的減免規定、定額徵收規定、對個別企業減免意見一律無效，繳費單位必須按照《實施辦法》的標準計征堤圍防護費。繳費單位因颱風、洪水等不可抗力因素造成重大損失、無力繳交的，可向市水行政管理部門提出申請，經市人民政府批准酌情給予適當減免。
5、除匯總繳交堤圍防護費的企業外，對各類企業徵收的堤圍防護費，年應繳費額超過50萬元的，按50萬元徵收。
十二、法律責任
1、任何單位和個人不得截留、擠占和挪用堤圍防護費。對截留、擠占、挪用、貪污堤圍防護費的單位或個人，根據有關規定給予處理；觸犯刑律的，依法追究刑事責任。
2、任何單位和個人不得拒絕繳交堤圍防護費，對拒不繳納堤圍防護費的單位和個人，由水行政主管部門依法申請人民法院強制執行。
堤圍防護費有關問題的解釋
1、既從事商業，也從事非商業經營的單位堤圍防護費適用的徵收率問題。
商業部分適用0.5‰，非商業部分適用1‰計征。如劃分不清的，從高適用1‰計征。
2、個體戶的堤圍防護費徵收問題。
個體戶的堤圍防護費按營業（銷售）收入計征。採用核定徵收的，地稅部門有核定營業（銷售）收入的，堤圍防護費按核定的“營業（銷售）收入”計征；地稅部門無核定營業（銷售）收入，而採用核定利潤額計征個人所得稅的，堤圍防護費可按計征城建稅的流轉稅的營業（銷售）收入計征。
3、關於“營業（銷售）收入”的問題。
堤圍防護費是對單位和個人取得生產經營收入而徵收的行政性收費，如單位和個人取得非生產經營收入則不需繳交堤圍防護費。為此，計征堤圍防護費的“營業（銷售）收入”的範圍可參照企業所得稅關於收入總額的解釋。原則上以生產經營收入和租賃收入這兩部分收入為計征堤圍防護費的“營業（銷售）收入”。
“生產經營收入”是指納稅人從事主營業務活動取得的收入。包括商品（產品）銷售收入，勞務服務收入，營運收入，工程價款結算收入，工業性作業收入以及其他業務收入。
“租賃收入”是指納稅人出租固定資產、包裝物以及其他財產而取得的租金收入。
