根據《鄂爾多斯市委辦公廳市人民政府辦公廳關於印發<杭錦旗人民政府職能轉變和機構改革方案>的通知》（廳發〔2015〕6號）精神，設立杭錦旗交通運輸局，為旗人民政府工作部門。
職責調整,主要職責,內設機構,
職責調整
（一）接管市局下放的占用、挖掘跨越公路、橋樑用地的控制區審批（高速公路除外）權職責。
（二）接管市運管局下放旗運管分局管理職責。接管客貨運輸安全生產監管工作。
（三）取消公路養路費、公路運輸管理費、公路客運附加費、水路運輸管理費的徵收管理。
（四）將原建設局指導城市客運職責劃入交通運輸局。
（五）承接市級下發的行政審批事項。
主要職責
（一）貫徹執行國家公路、鐵路、水路、民航交通運輸行業的方針、政策、法律、法規並監督實施。
（二）研究擬定全旗公路、鐵路、水路交通運輸行業的發展規劃、中長期計畫並組織實施；負責交通運輸行業統計和信息工作。
（三）承擔涉及全旗綜合運輸體系的規劃協調工作，會同有關部門組織編制綜合運輸體系規劃，組織交通運輸樞紐規劃和管理。負責對全旗重點物資運輸、緊急客貨運輸進行調控。
（四）承擔交通運輸行業監督管理工作；指導城鄉客運及有關設施規劃工作；承擔交通運輸市場監督管理責任，維護公路、水路、鐵路交通運輸行業的平等競爭秩序；引導交通運輸行業最佳化結構、協調發展。
（五）承擔公路建設市場、運輸市場、客運出租汽車、汽車維修、汽車駕駛學校和駕駛員培訓工作的行業監管。
（六）負責全旗公路路產路權管理工作。
（七）承擔水上交通運輸行業安全監管責任；負責船舶及水上設施檢驗工作；實施港航設施建設及使用岸線布局的行業監督管理。
（八）組織協調全旗交通運輸行業安全生產和應急管理工作；負責全旗交通運輸行業安全生產的信息情報蒐集、整理、分析、上報和發布工作；依法組織或參與事故調查處理工作。
（九）研究提出用於交通運輸事業的財政性資金和專項資金收支預算建議，組織交通建設項目的內部審計工作；負責公路建設項目的行業審查、審批工作，並組織實施。
（十）制訂交通運輸行業科技政策、技術標準和規範；組織重大科技項目開發並組織實施，推動行業技術進步。
（十一）承擔國防動員委員會的有關工作。
（十二）承辦旗人民政府和市交通運輸局交辦的其他事項。
內設機構
（一）辦公室
組織協調局機關工作，負責機關重要會議的組織、重要報告和綜合性檔案起草、文秘、政務信息、機要、保密、檔案、信訪和政策法規研究工作；負責機關及直屬單位人事、機構編制管理工作。
（二）公路工程技術規劃股
組織擬訂公路交通行業發展規劃和計畫；組織貫徹交通行業產業政策；負責國家投資、國家與地方政府投資以及利用外資基礎設施建設項目的前期工作和後期評價工作；組織制定地方道路建設、公路沙害治理和公路綠化的具體辦法和措施，並監督實施；負責公路建設市場行業管理；負責全旗公路普查、年度統計工作；負責重點工程管理、工程質量及技術監督工作；擬訂交通行業科技、教育中長期發展規劃及年度計畫並組織實施，推動科技開發與行業技術進步，負責重大交通科技項目的實施。
（三）運輸股
負責全旗公路（水路）交通運輸行業管理、運輸業務和汽車駕駛員培訓工作的組織指導，調控全旗公路（水路）運輸的運力、運量等工作；負責計程車行業指導管理。
（四）財務審計股
指導全旗交通運輸行業的財務會計、審計工作；管理專項資金、預決算、外匯、信貸、勞動工資以及利用外資有關的財務工作和機關財務管理工作；對交通建設各項資金進行審計；負責制定內審工作計畫，工作規程，主要審計項目、內容、方法和步驟；負責對直屬單位實行定期或不定期審計，並監督落實審計結論。
（五）紀檢監察室
負責監督檢查交通運輸行業貫徹黨的路線、方針和國家政策、法規及行業規章制度等方面的貫徹落實情況；監督檢查交通運輸行業不正之風，並及時糾正行業不正之風，治理公路“三亂”；負責工程項目廉政工作的監督檢查；負責轄區交通運輸行政執法監督檢查工作；負責交通行政執法工作證件審核和辦理工作。
（六） 交通戰備股
承擔旗交通戰備辦公室的日常工作；負責交通戰備建設、交通保障規劃、計畫的制訂和實施；組織協調管理應急交通戰備隊伍。
（七） 交通安全生產監察股
負責監督檢查交通運輸行業貫徹執行安全生產法律、法規和政策的執行情況；負責全旗道路運輸、水上交通、公路建設、公路養護和路政管理的安全生產監督工作；負責全旗交通運輸行業安全生產的信息情報蒐集、整理、分析和上報發布工作；協助有關部門對生產安全事故進行調查；負責受理和調查處理全系統安全生產工作投拆及信訪事宜；負責對系統各二級單位安全生產制度的建立和執行情況進行監管；負責制定系統各二級單位安全生產工作考評辦法，並做好日常考評工作。
（八） 鐵路民航股
研究制定全旗鐵路和民航機場建設中長期發展規劃和年度建設計畫；協調解決鐵路、民航建設中的重大問題；研究提出鐵路、民航重大建設項目的審查意見；指導管理民航運營。
