本質分類方法是根據事物的本質特徵或內部聯繫進行分類的一種方法。因該方法揭示了事物的規律性和本質聯繫，反映了事物的本來面目，又稱自然分類方法。隨著科學技術的發展和進步，隨著人類認識的深化，此法在現代科學研究工作中愈來愈受到重視，其套用愈來愈廣泛，貢獻愈來愈大，形成了由現象分類向本質分類發展的趨勢和潮流。任何客觀事物都有質的內在規定性，在不同的事物之間，在不同等級的系統之間或不同類型的系統之間都存在著質的區別。人們對系統的認識不能僅僅停留在現象上，不能只滿足於現象分類。
為了深入研究的進化，認識系統的各級本質，人們就要在一定的理論指導之下，根據反映各層次的本質確定分類標準進行本質分類。否則，面對千差萬別的各種具體系統就會如墜煙海，或者只浮於事物表面上，難於把握事物的真諦。因此，由現象分類發展到本質分類是人類認識不斷深化的必然結果。以達爾文進化論為基礎的生物分類系統同林奈的分類系統相比，前者更深刻地反映了系統層次之間的內在聯繫，至於對種群研究導致的生物分類系統，既反映了系統的內在統一性又反映了系統的內在多樣性，在更深層次上反映了生物之間的本質聯繫。本法是現代科學研究中的重要手段，是不可或缺的重要環節。套用於整理科學事實時，不僅有利於材料的存取，更重要的是能在更高更深層次上使材料條理化，系統化，能使研究者從事物內部聯繫和整體運動規律上總結認識成果，預見客觀事物的發展趨勢，從而，為科學研究工作奠定良好的基礎，創造進一步開展工作的先決條件。
