會計核算邏輯程式是由計算機根據結帳指令自動進行的，並在相應工作完成後生成各種有規律的機制轉帳憑證列印輸出；其結帳後餘額轉入餘額庫，供下期調用。
電算化會計信息處理的特點，決定了它與手工會計必然存在明顯的區別，其區別除體現在上述各項特點外，還表現在以下幾方面。
1．系統的設計方法不同。手工會計系統一般由會計師根據會計法規、會計準則、會計制度和行業特點，針對本企業工作的需要來設計。電算化會計因數據處理實現自動化，其系統設計除要遵循手工情況下的會計準則和會計制度外，還必須遵循特定的電算化制度，如帳冊、報表設計等要符合輸出、列印要求等。電算化會計系統一般由高級會計師、系統分析師和程式設計師在原手工系統基礎上進行電算化系統分析和設計，編製程序並調試等一系列計算機處理過程進行開發。
2．帳戶設定和帳簿登記方法不同。電算化會計信息處理的代碼化和自動化，改變了手工會計下按會計要素類別設定帳戶，並據以設定和登記總分類帳和明細分類帳的做法。電算化會計把帳戶設定定義為：為了將來取得某種信息，預先設定好塑造該種信息的模型（房間），通過規定不同的科目代碼（房問號）來對帳戶進行分類，並據以對總帳、明細帳（日記帳）進行區分，按不同代碼自動進行登記。
3．帳簿記錄錯誤更正方法不同。電算化會計系統記憶體在邏輯性校驗程式，只要原始數據輸入正確，不會發生記帳憑證和帳簿記錄差錯，因而也不存在手工會計下的劃線更正法來更正差錯。對於帳簿記錄因合法性而出現的錯誤，也只是採用類似於紅字沖正法以輸入“更正憑證”予以糾正。
4．對帳、結帳及期末帳項調整的方式、方法不同。在手工會計下，為了保證帳證、帳帳、帳實相符，在結帳前往往需進行一系列對帳工作。電算化會計信息處理則因存在邏輯性校驗程式，不會出現帳證、帳帳不符情況。如果出現帳實不符，主要在於原始數據的審核及相關的內部控制制度是否完善的問題上。
應計制要求在會計期末結帳時進行一系列的帳項調整，以便正確確定當期損益。手工會計的結帳和帳項調整是由人工通過編制各種轉帳憑證來進行的；在結帳時還要結出各帳戶的本期發生額和期末餘額，並將期末餘額轉抄為下期期初餘額；出現結（調）帳差錯可以在發現時隨時更改。電算化會計的帳項調整和結帳是由計算機根據結帳指令自動進行的，並在相應工作完成後生成各種有規律的機制轉帳憑證列印輸出；其結帳後餘額轉入餘額庫，供下期調用。
