系統分析階段包括提出新系統目標、成立開發小組、可行性分析、現狀調查、需求分析和邏輯模型建立。其審計內容和方法如下：
1.與系統分析人員一起確定系統的長期目標（2～4年）和近期目標（1～2年），以確保系統目標滿足單位內外的管理對會計信息的需求，能完成所要承擔的會計工作，要符合單位財會人員的習慣，同時必須保證數據信息的可靠性並具有一定的效率；確定系統與外部環境的信息聯繫和接口；確定系統的主要功能和結構；確定系統與企業其他系統（如CAD、CAM）的界面和信息聯繫。
2.確保各有關部門派代表參加開發小組並確定其熟悉所屬部門的崗位責任和工作範圍；檢查項目負責人召開的重要會議，看是否均有各部門人員參加。
3.審核企業可以投入的資金、物力、人力及其來源。
4.與系統分析人員共同研究新系統在技術、經濟、管理等方面的可行性。
5.覆核系統分析人員取得的現系統的信息關聯狀況、會計工作流程和會計業務流程、信息載體和信息量等全部詳細資訊；審核所建立的新系統的目標能否滿足其處理和控制上的要求。
6.向會計部門查詢，確定該部門就會計處理的立場，審核有關的成本與效益的計算。
7.與系統分析人員一起分析新系統的邏輯模型（重點是數據流程圖）是否滿足會計和財務制度流程的要求，是否充分體現了用戶的需求。
8.全面檢查系統分析階段的現狀分析報告、可行性報告、會計業務作業流程圖、輸入輸出和代碼調查表、系統分析說明書等文檔是否完整、正確。
