晉江市人民政府口岸與海防管理辦公室主要職責包括口岸、海防、打私三項工作職能。
（一）負責全市口岸、海防、打私工作的組織實施和指導協調。檢查、督促口岸、海防和打私各單位依法履行職能的情況，掌握工作動態、收集整理資料、總結推廣經驗。
（二）負責全市口岸口岸管理工作；負責全市海、陸、空一、二類口岸的開放、整頓、關閉的審查上報工作；負責對新開闢的海、陸、空國際（含港澳台地區）客、貨運航線航班和申請臨時進入我市非開放區域的外國籍交通工具提出審查意見；負責全市對外開放口岸建設的發展規劃並審查、協調，督促其實施規劃。
（三）負責組織協調口岸通關環境建設，負責協調和處理口岸各單位對外工作之間的關係和組織仲裁有關口岸事務中的爭議問題。負責本市海、空口岸的管理和協調工作。
（四）負責全市海防管理工作。組織、協調對台軍事鬥爭有關本系統的保障工作。
（五）負責檢查協調有關部門開展海上專項鬥爭和聯合行動，依法打擊海上走私、偷渡、搶劫等各類違法犯罪活動。配合有關部門做好反偷私渡工作和偷私渡人員的遣返事務。配合有關部門開展隱蔽戰線鬥爭。
（六）負責組織協調全市各職能部門依法開展緝私工作。負責監督、檢查、指導、查處走私大要案工作，掌握案件情況和執法力度，健全督辦制度。
（七）負責協調打擊走私的基礎設施建設和緝私部門的裝備更新工作；負責督促緝私罰沒收的匯解繳庫工作和專項辦案經費的使用、管理工作。
（八）負責組織、指導全市口岸系統精神文明建設和開展“創文明行風、建滿意視窗”競賽活動以及口岸、海防、打私的宣傳工作；負責組織指導口岸、海防、打私系統工作人員的培訓。
（九）負責對本市口岸、海防和緝私數據的統計和綜合分析，完善通報制度。
（十）承辦市政府、市海防管理委員會和打擊走私綜合治理小組交辦的其他事項。
