昌吉回族自治州民族宗教事務委員會是昌吉回族自治州人民政府組成部門。
（一）貫徹執行黨中央、國務院和自治區黨委、人民政府關於民族和宗教工作的方針、政策，當好自治州黨委、人民政府在民族宗教工作方面的參謀助手。
（二）研究並提出自治州有關民族、宗教工作的方針、政策，擬訂自治州有關民族宗教事務管理的地方性法規。
（三）組織開展民族宗教理論、政策和民族宗教問題等重大課題的調查研究，開展民族宗教政策、法規的宣傳教育並監督貫徹執行情況；及時穩妥地解決民族間、宗教間、教派間發生的矛盾和糾紛，配合有關部門及時處理有關突發事件和影響社會穩定的問題；配合政法部門抵禦、打擊民族分裂勢力和宗教極端勢力的滲透顛覆活動，並提出對策、建議。
（四）監督實施和完善民族區域自治制度建設和《民族區域自治法》的貫徹執行，及時報告和研究處理執行中遇到的問題；研究擬訂協調民族關係的原則、方法，協調處理民族關係中的重大事宜；監督辦理少數民族權益保障事宜，參與組織民族自治地方慶典活動。
（五）參與制定自治州少數民族經濟發展政策和規劃，研究提出少數民族經濟發展的特殊政策和措施；研究制定和組織實施人口較少民族發展規劃、“興邊富民”行動規劃；組織調查研究農牧區、邊境地區、貧困地區少數民族經濟發展中的有關問題，配合併承辦扶貧事宜；會同有關部門協調做好與發達地區科技、經濟技術協作和對口支援工作；會同有關部門管理少數民族地區補助費的分配使用和國家給予自治州的專項貸款、專項資金和項目選報工作；會同有關部門做好自治州民族貿易企業和民族特需用品定點生產企業優惠政策的落實工作；協助解決自治縣、民族鄉經濟、社會發展的特殊問題。負責少數民族經濟和社會的統計與分析工作。
（六）參與研究制定少數民族教育、文化、藝術、衛生、體育、新聞出版等方面的政策、規劃，組織監督檢查相關政策、措施的貫徹落實；在自治州相關部門的總體規劃指導下，研究自治州社會發展的意見和建議，幫助解決少數民族聚居地區存在的特殊困難；承辦發達地區經濟、技術、人才援助和扶持有關事宜；主辦自治州少數民族傳統體育運動會；組織參加自治區少數民族傳統體育運動會；指導新疆回族古籍的規劃、蒐集、整理、出版工作。
（七）組織對我州少數民族人權狀況、婦女兒童狀況和散雜居少數民族情況的調查研究，配合有關部門擬定我州少數民族人權情況報告等事宜；聯繫少數民族幹部，協助有關部門制定培養、選拔、使用少數民族幹部政策，配合有關部門制定民族宗教系統幹部培養規劃並組織落實。
（八）貫徹實施國務院《宗教事務條例》，依法保護公民宗教信仰自由，保護宗教團體和宗教活動場所的合法權利，保護宗教教職人員履行正常的教務活動，保護信教民眾正常的宗教活動；引導和推動宗教界人士愛國主義、社會主義、擁護祖國統一和民族團結教育，鞏固和發展同宗教界的愛國統一戰線，團結和動員廣大信教民眾投身改革開放和經濟建設。
（九）積極引導宗教與社會主義社會相適應，按照“保護合法、制止非法、抵禦滲透、打擊犯罪”的要旨，依法加強對宗教事務的管理，使宗教在法律、法規和政策範圍內活動；組織開展“和諧寺觀教堂”、“平安宗教活動場所”、宗教界“雙五好”和“民族團結進步模範”的創建和評選；辦理宗教團體需由政府幫助或協調的事務。
（十）組織協調自治州民族宗教工作領域有關對外交流和合作；會同有關部門做好民族宗教政策的對外宣傳和有關民族宗教的對外交往等工作；支持幫助宗教界開展對外友好交流活動；負責朝覲的組織工作。
（十一）指導和檢查民族宗教系統的業務工作；加強同地區部門的聯繫，在國家民委、國家宗教局、自治區、自治州人民政府安排下，組織、接待少數民族宗教人士學習、參觀、考察等事宜。
（十二）貫徹實施有關清真食品管理的法律法規，負責自治州清真食品的監督管理工作；加強對自治州生產、經營、加工清真食品的企業、個體經營者以及商場、超市、集貿市場、賓館、單位內設清真餐飲的監督檢查。
（十三）負責全州的民族團結進步模範創建工作，對自治州貫徹落實黨和國家、自治區有關民族政策、法律方面的情況進行督導、檢查，組織和承辦民族團結進步表彰活動，會同有關部門安排民族團結教育活動的開展，對縣市和有關部門的民族團結進步創建工作進行指導、檢查。
（十四）貫徹執行國家和自治區關於語言文字工作的方針、政策和法律、法規；制定全州語言文字工作的規劃和措施；對全州民漢文字行文和民漢語言的使用情況依法進行監督；負責推廣普及國家通用的國語、規範漢字和規範的少數民族語言文字；負責管理全州各民族語言文字規範化、標準化、信息化工作和全州語言文字的社會套用；制定全州“雙語”學習工作發展規劃、具體措施並提出表彰獎勵辦法；協調、指導全州開展“雙語”學習活動。主管全州少數民族語言文字翻譯工作；承擔少數民族語言文字翻譯專業人才培訓工作；組織全州少數民族語言文字翻譯職稱評定工作；組織實施全州國語水平測試、規範漢字和少數民族語言正字、正音的培訓和測試工作；監督檢查各縣（市）、各部門執行語言文字政策、法規和開展語言文字工作的情況。
（十五）承辦自治州人民政府交辦的其他事項。
