新疆維吾爾自治區防汛抗旱總指揮部辦公室是新疆維吾爾自治區水利廳直屬單位。
一、負責全疆洪情、水情分析預測，防災減災對策分析，及時向中央及自治區、廳黨組匯報，並向各地下達上級的各項防洪調度指令。
二、抓好水庫安全蓄水，審批重點水庫的度汛方案，汛前做好水庫安全度汛工作，及時向中央報汛報災。
三、負責大中河流的防洪規劃和重點河流險工地段堤防建設規劃方案的審查。
四、及時掌握汛情、災情，編寫防洪動態，總結經驗，並向各地通報。
五、根據氣象、水文及農區墒情情況，及時組織有關部門人員，分析預測旱情，提出防旱抗旱對策和措施，總結和推廣各地行進的節水灌溉經驗，做好抗旱工作。
六、抓好各地抗旱服務隊的組織、建設和管理工作，充分發揮抗旱服務隊的作用。
七、及時了解和掌握旱情，編寫抗旱動態，總結抗旱節水經驗。
八、負責全疆防汛通訊、信息網路的規劃、建設與管理工作。
