拷貝數，是指某基因（可以是質粒）在某一生物的基因組中的個數。單拷貝就是該基因在該生物基因組中只有一個，多拷貝則指有多個。在細菌細胞中，根據複製特性，質粒分嚴緊型和鬆弛型兩類，前者在細胞中只含1〜2個，而後者含10〜15個以上。恆定的拷貝數與質粒複製控制系統、宿主細胞遺傳背景及生長條件有關。
拷貝數變異(Copy number variation, CNV)是由基因組發生重排而導致的, 一般指長度為1 kb 以上的基因組大片段的拷貝數增加或者減少, 主要表現為亞顯微水平的缺失和重複。
基本介紹
定義,檢測方法,
定義
(一)在細菌細胞中，某種特定質粒的數目。根據複製特性，質粒分嚴緊型和鬆弛型兩類，前者在細胞中只含1～2個，而後者含10～15個以上。恆定的拷貝數與質粒複製控制系統、宿主細胞遺傳背景及生長條件有關。質粒複製控制系統首先通過調節複製的起始點來控制拷貝數，調節因素包括阻遏蛋白、反義RNA和某些順向重複序列。有些質粒還有其他控制系統，如有分配功能的par系統和確保質粒穩定遺傳的ccd系統。一旦質粒上與調控有關的基因或位點突變，可使拷貝數明顯增加或減少。
(二)在細菌細胞中，某種特定基因的數目。
檢測方法
一般檢測方法有
若是測序結果，可選用censor軟體檢測相關拷貝數。
southern blot
Southern blot 是一種常用的 DNA 定量的分子生物學方法。其原理是將待測的 DNA 樣品固定在固相載體（硝酸纖維膜或尼龍膜）上，與標記的核酸探針進行雜交，在與探針有同源序列的固相 DNA 的位置上顯示出雜交信號，通過檢測信號的有無、強弱可以對樣品定性、定量，從而計算出轉入的拷貝數。 Southern 法準確性高、特異性強，但存在費時費力的缺點。另外，由於 Southern 法檢測不經過靶片段的擴增（ PCR ），一般每個電泳通道需要 10-30 μ g 的 DNA ，在實際操作中就需要較大量的植物材料來提取 DNA ，而轉基因植物的愈傷組織在無菌條件下經過篩選、重新分化後一般都比較細弱，不宜大量取樣。如果外源基因在插入時發生基因重組，造成限制性酶切位點丟失， Southern 法也無法檢測到。這些因素都制約了 Southern 法在 T 0 代轉基因植物中檢測外源基因拷貝數的套用。
實時螢光定量PCR
其定量的基本原理是在 PCR 反應體系中加入非特異性的螢光染料（如： SYBR GREEN I ）或特異性的螢光探針（如： Taqman 探針），實時檢測螢光量的變化，獲得不同樣品達到一定的螢光信號（閾值）時所需的循環次數： CT 值（ Cycle Threshold ）；通過將已知濃度標準品的 CT 值與其濃度的對數繪製標準曲線，就可以準確定量樣品的濃度。螢光定量 PCR 技術具有簡便、快捷的優點，能夠有效擴增低拷貝的靶片段 DNA ，對每克樣品中 20pg-10ng 的轉基因成分進行有效檢測。同時，與 Southern 法相比，螢光定量 PCR 技術可對 T-DNA 的不同序列進行擴增，因此能實現對轉基因品系中的基因重組的檢測（ Giovanna 2002 ）。
