選用抗菌藥物首先應明確患者的臨床指征、確定引起感染的病原體、選擇療效高、毒性低的抗菌藥物治療。
藥物選擇,聯合套用,
藥物選擇
選用抗菌藥物，首先應明確患者的臨床指征。確定引起感染的病原體（最好能進行細菌學診斷和體外藥敏試驗），選擇療效高、毒性低的抗菌藥物治療。如果尚未確定，常採用聯合用藥或使用廣譜抗菌藥物。另外還應考慮抗菌藥物的抗菌活性、藥動學特點、不良反應及經濟性等。
在套用抗菌藥物時，應考慮病人的情況，如年齡、體重、遺傳、機體的抵抗能力、哺乳、妊娠、肝、腎功能等，對妊娠婦女及哺乳期婦女應嚴格控制使用致畸藥物和影響嬰兒生長的藥物，如四環素類、氯黴素、琥乙紅黴素、依託紅黴素、氨基糖苷類、氟喹諾酮類、磺胺類、甲硝唑、替卡西林等。對嬰兒和老年人用藥，要考慮肝、腎功能尚未發育成熟或已衰退，常造成血藥濃度過高，半衰期延長，應避免使用對肝、腎有損害的藥物。選擇劑量和療程要適當，劑量過小達不到治療效果，又易引起細菌耐藥；劑量過大，造成浪費，而且可能還會出現嚴重的不良反應。
抗菌藥物的預防性用藥也應嚴格掌握適應證，防止藥物濫用。預防性用藥僅限於少數情況，如燒傷者、預防敗血症、預防新生兒眼炎、流行性疾病流行期預防傳播等。抗菌藥物主要用於細菌感染引起的疾病，而對各種病毒性感染療效不佳，如流感沒必要使用常規抗菌藥物。
聯合套用
抗菌藥物合用的目的是提高療效，減少個別藥物的劑量，從而減少不良反應，延緩耐藥性的產生。對混合感染或不能作細菌學診斷的病例，聯合用藥可擴大抗菌範圍，但使用不當也可產生嚴重的不良後果，如不良反應發生率增加，耐藥菌株更多，故不宜盲目聯合用藥。
（一）聯合用藥的適應症
1、病因未明的嚴重感染，可先依臨床經驗聯合用藥治療，使藥物的抗菌譜擴大，待確診後再調整。
4、聯合用藥使毒性較大的抗菌藥物用量減少，如兩性黴素B與氟胞嘧啶合用時可減少前者的套用量，減輕毒性。
5、感染部位藥物不易滲入者，如結核性腦膜炎。
（二）聯合用藥的原則
1、用一種抗感染藥可控制的感染，無須聯合用藥。
2、有明確聯合用藥指征者，一般限於兩藥聯用，極必要時才三藥聯用。
3、聯合用藥中至少有一種對致病菌有明顯的抗菌活性，其餘的不應有明顯的耐藥性。
除極少數情況外（如抗結核病時），不宜長期採用固定組分的聯合用藥，而且儘量縮短聯合用藥的時間。
