在國際上首次把人工智慧的思想引入到DNA分子分類學領域，提出了基於BP人工神經網路的物種鑑定新方法，研究成果被國際同行（審稿人）評價為非常重要的（very significant）,為當前DNA物種鑑定提供了一個即時的，創新性的解決方案（a timely and innovative solution）。研究成果發表在國際系統生物學核心期刊（Top3）Systematic Biology上(2008,4月刊)（SCI, 2005 Impact Factor: 10.327; SCI IF 8.48; 5Y IF 10.78）。通過計算機模擬及實例研究首次在DNA分子分類領域提出基於物種的取樣策略，指出DNA分子分類研究中人們通常所期望的普適的取樣閾值並不存在，首次提出“單倍型發現曲線”（HDC）的概念，並給出了幾種關鍵取樣量的計算方法，該項研究被四個國際同行（審稿人）中的三個給與了高度評價，一個同行在肯定這項工作的同時，給出了一些批評意見。給項研究已被Molecular Phylogenetic and Evolution（SCI IF 3.56; 5Y IF 4.04）正式接受（ 2009-09-10）。
2. 分子生態學、分子系統學、分子譜系地理學
運用多基因分子標記的系統發育重建方法，同時運用線粒體和核基因分子標記對朝鮮半島的Coptolabrus亞屬的近緣種的大步甲進行了系統地理學研究，對不同地質歷史時期物種遷移擴散，隔離，局部的基因交流進行了基於分子數據的演化推導，探討了核基因在分子系統地理學推導的作用及局限性；同時，對同域分布於朝鮮半島的Leptocarabus亞屬的近緣種進行了比較系統地理學研究；對分布於日本列島及朝鮮半島的Leptocarabus亞屬進行了基於多個核基因的分子系統學重構。運用線粒體DNA基因組測序的方法首次將狗的世界起源定位於中國長江以南地區，該項研究成果（共同第一作者）最近（2009-09-01）被Molecular Biology and Evolution( SCI IF 9.87; 5Y IF8.22線上發表（doi:10.1093/molbev/msp195）。
相關及其他研究成果，發表於生態、進化、分子系統學的核心國際期刊Molecular Biology and Evolution( SCI IF 9.87; 5Y IF8.22)，Molecular Ecology（2005, 2006 Impact Factor: 4.301, 4.825;5.169），Molecular Phylogenetic and Evolution（SCI IF 3.56; 5Y IF 4.04），Zoological Science(SCI, 2006 Impact Factor: 1.240), Molecular Ecology Notes (2006 Impact Factor: 1.220)等。
（備註：已發表論文29篇（SCI收錄15篇），其中2005年至今共發表SCI論文13篇， 以主要作者發表SCI期刊論文累計影響因子為53.29（2005年至今，其中第一作者為37.82）.單篇論文影響因子>8的1篇（5Y IF8.22），>10的1篇（5Y IF 10.78）.
（1）IFS瑞典國際基金1項（Project:Spatial genetic structure and gene flow of masson pine moth, Dendrolimus punctatus (Walker) in southern China，2001-2002 項目編號：IFS D/3204-1；
（3）日本文部科學省及日本學術振興會科研基金一項（Project: Molecular phylogeny, genetic differentiation and phylogeography of some insect groups (ground beetles) in East Asia inferred from mitochondrial and multiple nuclear genes. 項目編號：No. 15003315，2003-2005）；
（4）Wenner Gren Foundation (2007-2009); Project: “Early history of the domestic dog: a study of phylogegraphy and phylogeneaology”.(2007~2009, KTH, Sweden);
