該局將按照自治區黨委、政府統一規劃，貫徹執行國家和自治區有關港口、航道、水路運輸、船舶檢驗的方針政策和法律法規，行業規劃和標準；起草有關港口、航道、水路運輸的地方性法規、規章；組織編制北部灣港口規劃和港口章程，擬訂全區內河航道、內河港口布局、水路運輸規劃及其它相關規劃。同時，承擔廣西北部灣港口公共基礎設施規劃、建設和管理工作；負責北部灣港口經營許可管理和行政執法工作和引航業務、內河港口經營市場監督管理；承擔港口設施使用岸線審核工作、廣西北部灣港口工程項目建設的監督管理、廣西水路運輸管理工作、水路運輸行業執法工作、自治區授權管轄的內河通航河流航道及航道設施的管理工作，以及港口、航道、水路運輸安全生產和應急管理工作等。負責擬訂地方性船舶檢驗有關政策和檢驗技術規定；實施廣西船舶、船用產品、海上設施、船運貨物貨櫃法定檢驗的監督管理工作。負責港口、航道、水路運輸信息化建設和統計工作，水路行業環境保護、科技開發和節能減排工作，涉及港口、航道、水路運輸、船舶檢驗等政府非稅收入征繳、專項資金管理工作和局及直屬事業單位國有資產監督管理工作。
