化學工程與生物工程系原名化學工程系，創立於1991年，設定了廈門大學第一個化工類本科專業“石油加工”，
簡介,機構設定,研究貢獻,發展歷程,
簡介
並分別於1994年和1998年將專業調整為“化工工藝”和“化學工程與工藝”。2000年該系開始招收來自沙烏地阿拉伯的留學生。2002年新增“生物工程”本科專業，並於2003年更名為化學工程與生物工程系。現擁有“工業催化”博士點和“化學工程與技術”一級學科碩士學位點（涵蓋“化學工程”、“化學工藝”、“工業催化”、“生物化工”四個二級學科碩士點）。2004年國務院學位辦準予我系正式招收化學工程領域工程碩士學位研究生，2007年正式招收化學工程專業國際碩士，首批國際碩士於2007年9月正式入學。
機構設定
化學工程與生物工程系現設有化學工程研究所、生物化工研究所和工業催化研究所，並建有化工技術基礎實驗室、化學工程與工藝專業實驗室、生物工程專業實驗室和計算機仿真實驗室等教學實驗室。擁有一支專業基礎紮實、學術水平高、年輕化的師資隊伍，包括13位教授，17位副教授，10位講師；其中有9位博士生導師，具有工學博士學位的占88%。這些教學和科研骨幹治學嚴謹、學術思想活躍、創新意識強。活躍的科研工作使他們能從學科發展的角度結合最新科研成果進行授課，並十分注重培養學生的工程意識，提高學生的工程素質修養。從真正意義上培養了一批批合格的高級工程技術人才，增強了廈門大學直接為社會服務的能力。
研究貢獻
化學工程與生物工程系的科學研究是從套用研究和技術開發起步的。不僅承擔了多項國家自然科學基金項目，而且與國內一些較大企業建立了合作關係，並在產業化與新技術、新產品研發等方面取得了顯著成績。在科學研究和技術開發中逐漸形成了諸如傳質與吸附反應分離、生物化工、環境生物技術、膜分離技術、精細化工分離與反應過程及設備的研究、環境化工、工業催化及重要工業催化劑、化工過程先進控制與模擬最佳化研究等頗具特色的研究與開發小組。
發展歷程
1991年5月，廈門大學組建化學工程系（簡稱化工系），同時設立中共廈門大學化工系總支。林國棟（主持工作）、周昭明任副主任。學校黨政於1993年2月任命林國棟任化工系系主任。
許書楷（1991.5—1991.12），莊棟良（1991.12—1996.9）先後任書記，郭金全任副書記（1991.5—1996.1）。化工系部門工會由戴李宗任主席，設立相應的工會小組，嚴健任團委書記（1992.5－1996.1）。
1996年，林國棟續任主任至1998年5月，高浩其（1996.6-1997.10，分管科研和研究生工作）、李清彪（1996.9-1998.4，分管本科教學工作）任副主任。嚴健任黨總支副書記並主持工作（1996.1—1998.5）。
1998.5—1999.4 李清彪任化工系系主任，副主任張會平（分管科研和研究生工作），葉李藝（分管實驗室工作）。劉慶元任黨總支副書記並主持工作。宋毅任團委書記。
1999年4月，李清彪任系主任，葉李藝任副主任。2008.6—2009.12盧英華任系主任（實際主持工作至2010.4），副主任曹志凱。
2010年4月起，陳曉東任系主任，副主任李軍、曹志凱。
