根據自治區黨委辦公廳、自治區人民政府辦公廳《關於印發<巴音郭楞蒙古自治州人民政府機構改革方案>的通知》（新黨廳字〔2011〕43號），設立巴音郭楞蒙古自治州審計局（以下簡稱自治州審計局），為自治州人民政府工作部門。
職能調整,主要職責,內設機構,人員編制,附則,現任領導,
職能調整
（一）調整對社會審計機構審計業務質量的監督範圍，不再核查社會審計機構對審計機關監督對象以外的單位出具的相關審計報告。
（二）加強對預算執行、關係國計民生的資源能源、環境保護和社會保障資金、州屬國有企業資產、財政資金使用效益等方面的審計監督。
主要職責
（一）貫徹執行國家、自治區審計工作的方針、政策、法律、法規，參與起草自治州審計單行條例，擬定規範性檔案；制定審計規章制度並監督實施；組織領導、協調、監督縣市審計機關的業務。
（二）向自治州人民政府報告和向有關部門通報審計情況，提出制定和完善有關政策、法規、經濟調控措施的建議。
（三）在自治州人民政府和上級審計機關的領導下，對本級預算執行情況和其他財政收支情況進行審計監督，向本級人民政府和上級審計機關提出審計結果報告。受自治州人民政府委託向自治州人大常委會提交州本級預算執行和其他財政收支情況的審計工作報告、審計發現問題的糾正和處理結果報告。向自治州人民政府報告對其他事項的審計和專項審計調查情況及結果。依法向社會公告審計結果。向自治州人民政府有關部門及縣市人民政府通報審計情況和審計結果。
（四）對自治州各部門（含所屬單位）和下級政府預算的執行情況和決算以及其他財政收支情況，進行審計監督。
（五）對州屬國有金融機構及經授權的非州屬國有金融機構的資產、負債、損益，進行審計監督。
（六）對國家的事業組織和使用財政資金的其他事業組織的財務收支，進行審計監督。
（七）對國有企業的資產、負債、損益，進行審計監督。
（八）對國有資本占企業、金融機構資本（股本）總額的比例超過50%的和國有資本占企業、金融機構資本（股本）總額的比例在50%以下，但國有資本投資主體擁有實際控制權的企業、金融機構進行審計監督。
（九）對政府部門管理的和其他單位受政府委託管理的社會保障基金、社會捐贈資金以及其他有關基金、資金的財務收支，進行審計監督。
（十）對國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支，進行審計監督。
（十一）除《中華人民共和國審計法》規定的審計事項外，對其他法律、行政法規規定應當由審計機關進行審計的事項，依照《中華人民共和國審計法》和有關法律、行政法規的規定進行審計監督。
（十二）對與國家財政收支有關的特定事項，向有關地方、部門、單位進行專項審計調查，並向自治州人民政府和上一級審計機關報告審計調查結果。
（十三）對依法屬於審計機關審計監督對象的單位內部審計工作進行業務指導和監督。
（十四）社會審計機構審計的單位依法屬於審計機關審計監督對象的，按照國務院的規定，有權對該社會審計機構出具的相關審計報告進行核查。
（十五）依法檢查審計決定執行情況，督促糾正和處理審計發現的問題，依法辦理被審計單位對審計決定提請行政複議、行政訴訟或自治州人民政府裁決中的有關事項。協助配合有關部門查處相關重大案件。
（十六）承擔國家審計署、自治區審計廳授權的審計事項。
（十七）承辦自治州人民政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，自治州審計局設7個內設機構：
（一）辦公室
處理機關日常政務，負責有關重要會議的組織和有關報告、檔案、機關管理制度的起草；編制審計工作規劃，安排年度審計項目；負責機構編制、人事管理、工資福利；組織指導審計系統精神文明建設；負責局機關離退休人員的管理及服務工作；管理宣傳、信息、新聞發布、文電處理、保密、信訪、檔案、計算機網路、保衛等工作。
（二）法制科
負責審計單行條例或規範性檔案的起草、修改和報批，辦理有關協調工作；組織對縣市審計機關審計業務質量的監督檢查；審核與覆核局機關的審計報告、審計意見書和審計決定；負責審計行政複議和應訴工作；組織實施審計系統教育培訓；指導縣市審計機關的法制工作。
（三）財政審計科
擬訂州級預算執行情況的審計總體方案，匯總審計結果；負責審計州級預算執行情況、地方稅務系統稅收征管情況、國庫辦理州級預算資金的收納撥付情況；負責對縣市政府預算、決算進行審計監督；負責對自治州財政局、地方稅務局及其下屬單位的財務收支狀況進行審計監督；開展專項審計和審計調查；指導縣市審計機關的財政審計業務。
（四）行政事業與社會保障審計科
負責審計自治州黨委部門、人大機關、政協機關、中級人民法院、檢察院機關財政財務收支；負責審計政府部門和直屬事業單位的財務收支；負責審計自治州有關部門管理和受自治州人民政府委託由社會團體管理的養老、醫療、工傷、失業等社會保險基金的財務收支，以及各項社會福利、救災救濟、優撫安置和社會捐贈資金的管理使用情況；開展專項審計和審計調查；指導縣市審計機關行政事業與社會保障審計業務。
（五）經貿審計科
對自治州國有企業進行審計監督；對國有企業內部審計工作進行指導和監督；開展專項審計和審計調查；指導縣市審計機關經貿審計業務。
（六）農業與資源環保審計科
負責審計自治州有關部門管理的和受自治州人民政府委託由社會團體管理的農、林、牧、水利、資源、生態環保、扶貧開發等專項資金的籌集、管理、使用情況；開展專項審計和審計調查；指導縣市審計機關農業與資源環保審計業務。
（七）金融與外資審計科
承擔上級審計機關授權的國家金融、保險機構和非銀行金融機構及其分支機構的資產、負債、損益情況的審計任務；負責審計自治州地方金融機構的資產、負債、損益情況；負責審計自治州運用國際組織和外國政府貸款、援助和捐贈項目的財務收支；提供世界銀行和亞洲開發銀行援助、貸款項目的審計公證報告；開展專項審計和審計調查；指導縣市審計機關金融與外資審計業務。
監察室（與紀檢組合署辦公） 負責機關、所屬單位紀律檢查和行政監察等工作。
人員編制
自治州審計局行政編制37名，機關後勤服務事業編制1名。其中：縣級領導職數4名（含紀檢組長），科級領導職數16名。
附則
本規定由中共巴音郭楞蒙古自治州委員會機構編制委員會辦公室負責解釋並對執行情況進行監督檢查和評估，其調整由中共巴音郭楞蒙古自治州委員會機構編制委員會辦公室按規定程式辦理。
現任領導
局長：艾爾代
