巴彥淖爾市水產管理站是市農牧業局下屬的全額撥款事業單位，科級建置，是從事水產技術服務及漁業生產管理的專門機構。
工作職能,機構設定,
工作職能
全市漁業生產管理，水產技術推廣管理，水產新技術引進與試驗示範，水產技術培訓和職業技能鑑定，水產病害防治和水生動植物檢疫，漁業技術服務，漁業環境管理，漁業行政執法檢查，漁業資源保護，漁業糾紛處理，漁業船舶檢查、管理等。
機構設定
下設機構4個，即：巴市水產科學研究所；巴市水產技術推廣站；巴市漁政檢查站；巴市漁業船舶檢驗處。
1.巴市水產科學研究所職能
收集國際、國內水產科研成果，研究和探索巴彥淖爾市具有全區、全國先進水平的水產養殖和魚病防治技術。引進試驗名、特、優水產養殖品種，培殖繁育在本地區適應性強生產優勢明顯的優良品種。開展對生態漁業難以利用土地開發漁業等課題的研究，承擔和完成自治區、市科委下達的科研課題。根據國內外、區內外水產科研動態，制定巴彥淖爾市水產養殖和魚病防治方向。
2、巴市水產技術推廣站職能
承擔和完成全市水產技術推廣計畫、規劃的制定並組織實施。承擔和完成全市水產技術推廣項目的試驗、示範，制定規範的技術模式加以推廣和套用，完成旗、縣、市水產技術推廣機構和漁農民技術人員水產技術推廣活動的技術指導，承擔全市適用水產科技成果的評定和技術標準的制定，組織對適用水產技術的審定。
3、巴市漁政檢查站職能
代表國家行使權力，依法執行公務。
（一） 監督檢查全市漁業資源的保護、增殖和合理開發利用。
（二） 監督檢查漁業法規的貫徹執行。
（三） 監督檢查珍貴瀕危水生動物的保護。
（四） 維護漁業水域的生態環境，依法對水域進行監測。
（五） 維護漁業生產秩序，協助調解漁業生產糾紛。
（六） 負責審檢和發放養殖許可證和捕撈許可證，依法徵收漁業保護資源增殖保護費。
4、漁業船舶檢驗處職能
（一）代表國家行使漁船檢驗和監督管理職能；
（二）貫徹執行國家有關漁業船舶規範和檢驗制度；
（三）負責對建造修理和營運中的船舶進行監督檢驗，核發船舶航行、作業的各種證件和有關機械設備的證件；
（四）依照國家有關法律法規，行使漁港船舶的技術狀況，航行情況和裝載情況，使其處於安全適航狀態。
