審計特派員是特派員辦事處的領導，由局級幹部擔任，審計特派員是由審計署任命。1985年10月24日審計署向國務院提出報告，1986年先在上海、瀋陽、武漢、廣州等城市和少數中央大型企業試設審計特派員，根據審計署的授權，進行審計監督，直接對審計署負責。審計特派員由審計署任命局級幹部擔任。在特派員領導下設立辦事處，辦理審計方面的具體工作，經國務院同意並批准了這個報告，確定行政編制為300名。
其主要任務是負責對駐在省、直轄市及臨近地區的中央直屬企事業單位和中央投資的大型基本建設項目的財務收支及其經濟效益，進行審計監督；參加審計署組織的對省、自治區、直轄市及計畫單列市財政收支審計；對帶傾向性的重大財政收支問題進行審計調查，反映情況，提出加強巨觀控制的建議；辦理審計署交辦的重大審計事項。
