天津出入境檢驗檢疫局南疆辦事處成立於2008年年底，由原天津出入境檢驗檢疫局鑑定處和衛檢處合併而成。
歷史沿革,機構職能,內設科室,
歷史沿革
是天津檢驗檢疫局機構改革後按專項業務設定的分支機構，工作區域涵蓋天津港南疆、北疆、海河港區、錨地和海上原油鑽井平台。
南疆辦事處成立以來，在天津檢驗檢疫局黨組的正確領導下，忠實履職、依法把關，積極應對突發事件，創造了新的進步和發展。2009年獲得“全國質量監督檢驗檢疫系統防控甲型H1N1流感疫情應急工作先進單位”榮譽稱號，2010年獲得天津市“五一”勞動獎狀先進集體榮譽稱號，2011年獲得全國質檢系統“五五”普法先進單位榮譽稱號。
機構職能
1．承擔海港口岸國際航行船舶船艙的安全衛生適載檢驗工作。
2．承擔進出口商品數量重量檢驗鑑定工作，承擔水尺計重、容器計重、流量計計重；承擔大宗進出口商品衡器鑒重工作。
3．承擔進口商品殘損檢驗鑑定工作和其他檢驗鑑定業務。
4．承擔海港口岸出入境人員、攜帶物、貨物、貨櫃、特殊物品、屍體/棺柩的檢驗檢疫工作；承擔海港口岸出入境靠港船舶、錨地船舶的檢疫和衛生監督工作。
5．承擔出入境國際航行船舶檢疫方式的核定及相關信息的發布工作。
6．承擔海港口岸衛生監督、傳染病監測、衛生處理及突發公共衛生事件的應急處理工作。
7．承擔海港口岸出入境船舶墊艙物料木質包裝檢疫工作。
8．承擔海港口岸船舶代理企業、食品生產經營單位、服務單位的日常管理工作。
9．承擔海港口岸病媒昆蟲、有害生物的監測工作。
上述“海港口岸”是指除東疆保稅港區、臨港工業區以外的所有天津海港口岸（含北疆、南疆、海河港區，渤海石油鑽井平台等）。
內設科室
根據工作需要，南疆辦事處內部設綜合科、水尺計重科、容量計重科、衡器鑒重科、船舶檢疫科、旅客檢疫科、衛生監督科等7個科室。
各科室職能如下：
1、綜合科：負責全處綜合性業務工作；負責協助處內各業務科開展工作；完成處領導交辦的其他工作。
2、水尺計重科：負責海港口岸進出口商品的水尺計重工作和其他相關檢驗鑑定業務；完成處領導交辦的其他工作。
3、容量計重科：負責海港口岸進出口商品的容量計重、流量計計重工作；負責進口商品殘損鑑定和其他相關檢驗鑑定業務；完成處領導交辦的其他工作。
4、衡器鑒重科：負責海港口岸大宗進出口商品的衡器鑒重工作和其他相關檢驗鑑定業務；完成處領導交辦的其他工作。
5、船舶檢疫科：負責出入境國際航行船舶檢疫方式的核定及相關信息的發布工作；負責海港口岸出入境船舶檢驗檢疫工作和其他相關檢驗檢疫業務；完成處領導交辦的其他工作。
6、旅客檢疫科：負責國際航行客輪、出入境旅客及攜帶物的檢驗檢疫工作和其他相關檢驗檢疫業務；完成處領導交辦的其他工作。
7、衛生監督科：負責海港口岸國際航行船舶衛生監督工作和其他相關檢驗檢疫業務；負責海港口岸及國際航行船舶病媒昆蟲、有害生物的監測及處置工作；完成處領導交辦的其他工作。
上述“海港口岸”是指除東疆保稅港區、臨港工業區以外的所有天津海港口岸（含北疆、南疆、海河港區，渤海石油鑽井平台等）。
