基本建設竣工決算審計是對全面綜合反映建設成果和財務情況的總結性檔案所進行的審計。內容包括：(1) 竣工驗收的審計。根據批准的設計檔案和基本建設計畫 (工程項目表)，對交付使用財產的項目逐項進行審查。注意其有無計畫外的工程項目，驗收手續是否完備，工程質量是否合格，新增生產能力是否形成。根據批准的設計概算，審查竣工決算是節約還是超支，並分析節約和超支的具體內容及原因。(2) 損失性支出的審計。審查基本建設報廢工程和應核銷其他支出的各項損失是否真實合理，是否經有權機關批准，並注意審查報廢工程中的殘存設備和多餘材料的處理情況。
(3) 資金清理的審計。根據決算的要求，逐項查點實物，審查應收應付帳款，核實帳物、帳證、帳表是否相符，同時審查結餘器材和物資的處理情況是否合理合法。並審查人欠、欠人各項債權債務是否及時收回或償還。在全面清理和核實結餘資金的基礎上，注意查核清理收回的資金是否及時上交或轉移挪用等。(4) 建設總成本的審計。審查從工程項目的開工到竣工驗收所發生的全部投資支出。建設總成本的構成，按照工程項目可劃分為： 交付使用建築物的成本，包括建築工程成本和應分攤計入固定資產成本的待攤投資; 交付使用需要安裝的設備成本，包括被安裝的設備採購成本、設備安裝成本、設備基礎及支柱的建築工程成本和應分攤計入固定資產成本的待攤投資; 交付使用的不需要安裝的設備、工具、器具及家具的成本。在審查核實交付使用財產成本時，應注意分清應計入固定資產成本的其他基本建設投資和不應計入固定資產成本的應核銷基本建設支出的界限，對於應分攤計入固定資產成本的待攤投資，應本著既合理又簡便的原則，按照應負擔待攤投資的交付使用財產的概算或在建工程的實際成本的比例進行分攤，以正確計算新增固定資產的成本。不應計入固定資產成本的各種應核銷基本建設支出，則不允許擠入固定資產成本。所以，在審查時，應按總成本的構成進行審查。如發現不應計入建設總成本的開支，應予剔除，以正確地核定建設總成本。
