基本建設審計特點是基本建設審計因其對象的特殊性而有以下幾個特點：(1) 連續性。包括兩層內容：一是對基本建設活動實施前後連貫的、一致性的審計監督。二是對基本建設活動既要進行事後審計，又要進行事中和事前審計。(2) 綜合性。主要體現，一是被審單位的綜合性。基本建設被審單位包括建設單位、建築企業、勘察設計單位、建材及設備供應單位、計畫部門、財政部門和銀行等多家單位。二是審計內容的綜合性。建設領域被審單位生產經營和投資管理的內容的差異導致各自的財務收支、會計核算及會計資料和經濟行為的不同，最終決定了審計內容的區別。三是基本建設審計方法的綜合性。基本建設審計既有財務審計，又有投資效益審計，還有投資管理審計，因此，基本建設審計方法是由審計檢查方法、審計調查方法、審計考核方法和審計分析方法構成的基本建設審計方法體系，並且經常是在同一審計項目中全面使用上述各種審計方法。
(3) 交叉性。基本建設活動的參與者除建設領域各單位之外，還包括計畫部門、財政部門、金融機構、建築材料和設備供應部門及與之相關的貿易機構等。基本建設成效如何，是由上述各家單位共同組成的封閉狀鏈條的運行情況決定的，任何一環出現問題，都將導致基本建設投資效益的降低。基本建設審計是以提高投資效益、完善投資管理辦法為目的的巨觀審計，必須對影響投資效果的各個環節進行審計監督。而建設領域以外的其他單位則分屬計畫審計、財政審計、金融審計和企業審計的範圍，造成了基本建設審計與其他專業審計的業務交叉。基本建設審計只是從上述各單位對投資效果的影響這一角度開展審計業務，因此，交叉是局部的，也是相對的。
