抗日戰爭時期，中國共產黨領導的抗日主力部隊新四軍的最高軍事決策和領導機構。1937年10月，中國共產黨與國民黨達成協定，將在江南八省14個地區的紅軍游擊隊改編為國民革命軍陸軍新編第四軍，簡稱新四軍。葉挺任軍長，項英任副軍長，張雲逸任參謀長，周子昆任副參謀長，袁國平任政治部主任，鄧子恢任政治部副主任。同時成立中央革命軍事委員會新四軍分會，項英任書記，陳毅任副書記。下轄四個支隊，一萬餘人。1937年12月，新四軍軍部在湖北漢口成立。1938年1月，移駐江西南昌。4月到達皖南以後，軍部下設參謀處、秘書處、副官處、軍需處、軍醫處、兵站處、軍法處、後方留守處和政治部。1941年1月皖南事變後，根據中央軍委命令，以華中新四軍八路軍總指揮部為基礎在江蘇鹽城重建新四軍軍部，陳毅代任軍長，劉少奇任政治委員，張雲逸任副軍長，賴傳珠任參謀長，鄧子恢任政治部主任。軍部下設司令部、政治部、供給部、衛生部、軍工部。4月，新四軍歸中央華中局領導。1943年1月，供給部、衛生部合併為供衛部。1944年10月，供衛部重新分為供給部、衛生部。在抗日戰爭中，新四軍先後在湖北、江西、安徽、江蘇、山東等地建立過軍部。1945年10月，新四軍軍部率主力北移山東臨沂，並從12月起與山東軍區合併組成新四軍兼山東軍區領導機關，統一指揮華中、山東地區的新四軍和八路軍。1947年1月，根據中央軍委決定，新四軍兼山東軍區領導機關與華中軍區領導機關合併，成立華東軍區領導機關。新四軍兼山東軍區以及所屬華中軍區、華中野戰軍、山東野戰軍合編為華東軍區和華東野戰軍，新四軍番號至此撤銷。
