單核苷酸多態性分析是指在基因組上單個核苷酸的變異，形成的遺傳標記，其數量很多，多態性豐富。服務項目有TaqMan探針法，SNaPshot法，HRM法，Mass Array法和Illumina BeadXpress法。
基本介紹
- 中文名：單核苷酸多態性分析
- 外文名：Single Nucleotide Polymorphisms
- 服務項目：TaqMan探針法
- 送樣要求：細胞（≥10 ）
歷史,服務,背景介紹,服務項目,送樣要求,
歷史
單核苷酸多態性分析全稱Single Nucleotide Polymorphisms，是指在基因組上單個核苷酸的變異，形成的遺傳標記，其數量很多，多態性豐富。從理論上來看每一個SNP 位點都可以有4 種不同的變異形式,但實際上發生的只有兩種,即轉換和顛換,二者之比為2 :1。SNP 在CG序列上出現最為頻繁,而且多是C轉換為T ,原因是CG中的C 常為甲基化的,自發地脫氨後即成為胸腺嘧啶。一般而言,SNP 是指變異頻率大於1 %的單核苷酸變異。在人類基因組中大概每1000 個鹼基就有一個SNP ,人類基因組上的SNP 總量大概是3 ×10E7 個 。 因此,SNP成為第三代遺傳標誌,人體許多表型差異、對藥物或疾病的易感性等等都可能與SNP有關。 現在普遍認為SNP研究是人類基因組計畫走向套用的重要步驟。這主要是因為SNP將提供一個強有力的工具，用於高危群體的發現、疾病相關基因的鑑定、藥物的設計和測試以及生物學的基礎研究等。SNP在基因組中分布相當廣泛，近來的研究表明在人類基因組中每300鹼基對就出現一次。大量存在的SNP位點，使人們有機會發現與各種疾病，包括腫瘤相關的基因組突變；從實驗操作來看，通過SNP發現疾病相關基因突變要比通過家系來得容易；有些SNP並不直接導致疾病基因的表達，但由於它與某些疾病基因相鄰，而成為重要的標記。SNP在基礎研究中也發揮了巨大的作用，近年來對Y染色體SNP的分析，使得在人類進化、人類種群的演化和遷徙領域取得了一系列重要成果。 單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism，SNP),主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。它是人類可遺傳的變異中最常見的一種。占所有已知多態性的90%以上。SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每500～1000個鹼基對中就有1個，估計其總數可達300萬個甚至更多。 SNP所表現的多態性只涉及到單個鹼基的變異，這種變異可由單個鹼基的轉換(transition)或顛換(transversion)所引起，也可由鹼基的插入或缺失所致。但通常所說的SNP並不包括後兩種情況。 理論上講，SNP既可能是二等位多態性，也可能是3個或4個等位多態性，但實際上，後兩者非常少見，幾乎可以忽略。因此，通常所說的SNP都是二等位多態性的。這種變異可能是轉換(C T，在其互補鏈上則為G A)，也可能是顛換(C A，G T，C G，A T)。轉換的發生率總是明顯高於其它幾種變異，具有轉換型變異的SNP約占2/3，其它幾種變異的發生幾率相似。Wang等的研究也證明了這一點。轉換的幾率之所以高，可能是因為CpG二核苷酸上的胞嘧啶殘基是人類基因組中最易發生突變的位點，其中大多數是甲基化的，可自發地脫去氨基而形成胸腺嘧啶。 在基因組DNA中，任何鹼基均有可能發生變異，因此SNP既有可能在基因序列內，也有可能在基因以外的非編碼序列上。總的來說，位於編碼區內的SNP(coding SNP,cSNP)比較少，因為在外顯子內，其變異率僅及周圍序列的1/5。但它在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義，因此cSNP的研究更受關注。 從對生物的遺傳性狀的影響上來看，cSNP又可分為2種：一種是同義cSNP(synonymous cSNP),即SNP所致的編碼序列的改變並不影響其所翻譯的蛋白質的胺基酸序列，突變鹼基與未突變鹼基的含義相同；另一種是非同義cSNP(non-synonymous cSNP),指鹼基序列的改變可使以其為藍本翻譯的蛋白質序列發生改變，從而影響了蛋白質的功能。這種改變常是導致生物性狀改變的直接原因。cSNP中約有一半為非同義cSNP。 先形成的SNP在人群中常有更高的頻率，後形成的SNP所占的比率較低。各地各民族人群中特定SNP並非一定都存在，其所占比率也不盡相同，但大約有85%應是共通的。 SNP自身的特性決定了它更適合於對複雜性狀與疾病的遺傳解剖以及基於群體的基因識別等方面的研究： 1、 SNP數量多，分布廣泛。據估計，人類基因組中每1000個核苷酸就有一個SNP，人類30億鹼基中共有300萬以上的SNPs。SNP 遍布於整個人類基因組中，根據SNP在基因中的位置，可分為基因編碼區SNPs（Coding-region SNPs，cSNPs）、基因周邊SNPs（Perigenic SNPs，pSNPs）以及基因間SNPs（Intergenic SNPs，iSNPs）等三類。 2、 SNP適於快速、規模化篩查。組成DNA的鹼基雖然有4種，但SNP一般只有兩種鹼基組成，所以它是一種二態的標記，即二等位基因（biallelic）。 由於SNP的二態性，非此即彼，在基因組篩選中SNPs往往只需+/-的分析，而不用分析片段的長度，這就利於發展自動化技術篩選或檢測SNPs。 3、 SNP等位基因頻率的容易估計。採用混和樣本估算等位基因的頻率是種高效快速的策略。該策略的原理是：首先選擇參考樣本製作標準曲線，然後將待測的混和樣本與標準曲線進行比較，根據所得信號的比例確定混和樣本中各種等位基因的頻率。 4、 易於基因分型。SNPs 的二態性，也有利於對其進行基因分型。對SNP進行基因分型包括三方面的內容：(1)鑑別基因型所採用的化學反應，常用的技術手段包括：DNA分子雜交、引物延伸、等位基因特異的寡核苷酸連線反應、側翼探針切割反應以及基於這些方法的變通技術；(2)完成這些化學反應所採用的模式，包括液相反應、固相支持物上進行的反應以及二者皆有的反應。(3)化學反應結束後，需要套用生物技術系統檢測反應結果。
服務
背景介紹
單核苷酸多態性，是由於單個核苷酸改變而導致的核酸序列多態。一般來說，一個SNP位點只有兩種等位基因，因此又叫雙等位基因。SNP在人類基因組中的發生頻率比較高，大約平均每1000個鹼基中就有一個多態位點。有些SNP位點還會影響基因的功能，導致生物性狀改變甚至致病。單核苷酸多態性是研究人類家族和動植物品系遺傳變異的重要依據，因此被廣泛用於群體遺傳學研究（如生物的起源、進化及遷移等方面）和疾病相關基因的研究，在藥物基因組學、診斷學和生物醫學研究中起重要作用。根據實驗目的和通量的不同，閱微基因通過以下五種方式來提供SNP檢測服務：
服務項目
1．TaqMan探針法
針對染色體上的不同SNP位點分別設計PCR引物和TaqMan探針，進行實時螢光PCR擴增。探針的5’-端和3’-端分別標記一個報告螢光基團和一個淬滅螢光基團。當溶液中存在PCR產物時，該探針與模板退火，即產生了適合於核酸外切酶活性的底物，從而將探針5’-端連線的螢光分子從探針上切割下來，破壞兩螢光分子間的PRET，發出螢光。通常用於少量SNP位點分析
2．SNaPshot法
該技術由美國套用生物公司（ABI）開發，是基於螢光標記單鹼基延伸原理的分型技術，也稱小測序，主要針對中等通量的SNP分型項目。在一個含有測序酶、四種螢光標記ddNTP、緊臨多態位點5’-端的不同長度延伸引物和PCR產物模板的反應體系中，引物延伸一個鹼基即終止，經ABI測序儀檢測後，根據峰的移動位置確定該延伸產物對應的SNP位點，根據峰的顏色可得知摻入的鹼基種類，從而確定該樣本的基因型。對於PCR產物模板可通過多重PCR反應體系來獲得。通常用於10-30個SNP位點分析
3．HRM法
高解析度熔解曲線分析（HRM）是近幾年興起的SNP研究工具，它通過實時監測升溫過程中雙鏈DNA螢光染料與PCR擴增產物的結合情況，來判斷是否存在SNP，而且不同SNP位點、是否是雜合子等都會影響熔解曲線的峰形，因此HRM分析能夠有效區分不同SNP位點與不同基因型。這種檢測方法不受突變鹼基位點與類型的局限，無需序列特異性探針，在PCR結束後直接運行高解析度熔解，即可完成對樣品基因型的分析。該方法無需設計探針，操作簡便、快速，成本低，結果準確，並且實現了真正的閉管操作
4．Mass Array法
MassARRAY分子量陣列技術是Sequenom公司推出的世界上領先的基因分析工具，通過引物延伸或切割反應與靈敏、可靠的MALDI-TOF-MS技術相結合，實現基因分型檢測。基於MassARRAY平台的iPLEX GOLD技術可以設計最高達40重的PCR反應和基因型檢測，實驗設計靈活，分型結果準確性高。根據套用需要，對數十到數百個SNP位點進行數百至數千份樣本檢測時，MassARRAY具有最佳的性價比，特別適合於對全基因組研究發現的結果進行驗證，或者是有限數量的研究位點已經確定的情況。
5．Illumina BeadXpress法
採用Illumina公司的BeadXpress系統進行批量SNP位點檢測，可以同時檢測1-384個SNP位點，往往用於基因組晶片結果確認，適合高通量檢測。微珠晶片具有高密度、高重複性、高靈敏度、低上樣量、定製靈活等特點，極高的集成密度，從而獲得極高的檢測篩選速度，在高通量篩選時可顯著降低成本。
送樣要求
細胞（≥10 ）、組織（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因組DNA（≥20μl，濃度≥50ng/μl）。
