葉名琛拒絕讓步後,皇家海軍在10月29日轟破城牆,隨後,巴夏禮與海軍上將麥可·西摩爵士(Sir Michael Seymour)一道進入葉名琛的衙門。但英國部隊數量較少,不足以完全占領廣州,唯有繼續使用戰艦、炮兵監視城市。12月16日,中國部隊在城外向歐洲聚居點開火,巴夏禮退到香港,並留了近一年。在這段時間裡,他在議會內遭到了猛烈批評,1857年2月26日開始為上議院議員的馬姆斯伯里伯爵稱(Earl of Malmesbury)“If it were not for the serious consequences involved in this matter, I do not know that I have ever met anything which I should consider more grotesque than the conduct of Consul Parkes throughout these transactions.”
1月9日廣東巡撫柏貴復職。但他只是西方人的一個傀儡,城市的實際上為一委員會所統治。委員會由兩個英國人組成,其中一個是巴夏禮。因為巴夏禮通曉華語,所以成為了領袖。委員會建立法庭,組建警察,並在2月10日開放廣州港口。在天津條約簽署後,廣東官員對巴夏禮敵視依然,為取巴夏禮的首級而動員民兵,巨額懸賞。1859年12月6日,巴夏禮獲得了Companion of the Order of the Bath。
11月28日,他航往上海並在次年1月回到廣州擔任原職,處理接收九龍的事宜。根據天津條約,揚子江上的三個口岸開放。在1861年2月至4月,巴夏禮隨海軍中將詹姆斯爵士(Sir James Hope)沿江而行,在鎮江、九江與漢口設立領事館,並試圖與南京的太平天國叛軍立下協定。
1861年4月,他回到北京,並在6月到南京,準備與太平天國領導會面。1861年10月21日,聯軍向清廷歸還廣東,因此巴夏禮不再擔任專員。在11月,他前往上海,在同月內,再次與太平天國領袖會面,但這次會面的地點是在寧波。1862年1月,他回到英格蘭,他被囚一事使他變得知名。1862年5月19日,他獲得了Knight Commander of the Order of the Bath。
這個職位他擔任了18年,在任內,他不斷使用自己的影響力去支持日本自由黨。他向幕府的對手表示友好,所以對明治政府有些影響力。因為他切實支持改革派,所以他成為了目標,招來了反動派的敵視,反動派三次試圖刺殺他。他鼓勵低級成員深入研究日本:薩道義(Ernest Satow)與威廉·喬治·阿斯頓(William George Aston)獲益良多,後來成為日本學的大學者。但是,總體來說,為巴夏禮工作並不簡單,他也不為日本官員、民眾所知。
巴夏禮夫人因為1867年攀登富士山而變得知名,這是第一次有非日本婦女攀登富士山。1879年11月,巴夏禮夫人在英格蘭病逝,當時她正在為巴夏禮歸來做準備。四日後,巴夏禮通過電報得到噩耗。“她希望在她遺留之際,我在她身旁。我現在有六個子女需要照顧。”他在給弗雷德里克·維克多·迪金斯(Frederick Victor Dickins)寫到,“我要代她照顧他們,而使館將會失去光明與良好的精神風貌。”
和紙匯報與收集
1869年,後來的首相,威廉·格萊斯頓,要求英國駐日代表團提交一份對和紙與製紙的報告。巴夏禮與他的團隊在日本不同城鎮作出了深入調查,出版了一份政府報告,“對日本製紙的報告”,收集了超過400張手製紙張。大部分收藏品現在在Paper Conservation Laboratory, Victoria and Albert Museum與Economic Botany Collection, Royal Botanic Gardens, Kew展覽。1879年,Kew向格拉斯哥、悉尼、墨爾本與阿德萊德送出復樣,但都遺失了。巴夏禮收藏的紙張原始、價值高,造紙方法與每張紙的功能都詳細記錄下來。
韓國經歷
他是1883年至1884年間駐韓大臣。他代表英國與韓國談判,通過1883年英韓條約(United Kingdom-Korea Treaty of 1883),根據條約條文,他是韓國法院的第一個外交代表。
晚年經歷
1883年巴夏禮到了北京。在北京時,他的健康變差,1885年3月21日因瘧疾發熱病逝。1890年4月8日,乾諾公爵(Duke of Connaught)為他在上海外灘豎立紀念碑,但在二戰時被日軍移除。
主要作品
據全面統計,巴夏禮的作品大約有20部,以40個出版物出版,以四種語言書寫。
1、Observations on Mr. P.P. Thoms' rendering of the Chinese word ... Man.(1852)
2、File concerning Harry Parkes' mission to Bangkok in 1856 from the Archives of the Ministry of Foreign Affairs, London.
3、Papers, 1853-1872.
家庭狀況
在英格蘭時,他在朋友家中遇到了范妮·米爾士小姐,她是第一位副大法官托馬斯·米爾士爵士(Sir Thomas Plumer)的孫女。“她是一個美麗的女孩”,他在寫給朋友的信中提到她,“高挑,勻稱而優美,她膚色濃厚而柔和。她深棕色的眼睛充滿智慧,說話又語重深長。她充滿魅力,而家人都十分優秀。”經過六個星期的追求,他們在1856年元旦在倫敦Little Stanmore的聖勞倫斯堂(St. Lawrence's Church)成婚。次年1月9日,夫婦離開英格蘭。