吳雲東自1999年起擔任世界理論與計算化學家協會理事會理事,亦是亞太理論與計算化學家協會的共同發起人之一,他同時擔任了多個國際和國內著名專業學術刊物的顧問編委,編委或副主編。這些刊物包括:Accounts of Chemical Research(化學研究報告),Journal of Computational Chemistry (計算化學雜誌),Molecular Physics (分子物理),Theoretical Chemistry Accounts(理論化學報告)(副主編),Journal of Theoretical and Computational Chemistry (理論與計算化學雜誌),Science in China-Chemistry (中國科學-化學),Chinese Journal of Chemistry (中國化學雜誌)(副主編), Acta Physico-Chimica Sinica(物理化學學報)(副主編)。