辛亥武昌起義後,吳偉康回國參加軍旅,與張醅村、熊越山等組織光復第四軍,吳任財政處長,又擔任同盟會蕉嶺分部部長。民國元年(1912)孫中山在南京就任臨時大總統時,頒給吳偉康旌義狀。
民國2年(1913)秋,吳偉康抵台灣,勸說吳頌賢、葉水傳等參加羅福星領導的革命黨,並指導秘密結社之法。返國內後,曾一度供職滇軍,又擔任從化縣長、廣東省議會議員。後來,吳偉康離粵赴法國留學,畢業於法國里昂大學,同盟會領導人黃興贈以聯云:“既有勛名驚海內,更攜書劍客天涯。”學成回國後,吳偉康以民國告成,首重教育,捐巨資創辦三圳區立高等國小。稍後又加辦中學。鄉人選他為第一、二屆校董會董事長,連任6年之久。
民國8年(1919),吳偉康再至爪哇巴達維亞,與華僑書報社同仁一起倡辦《天聲日報》,被舉為副社長。民國10年,他返國任中國國民黨蕉嶺縣分部長。時廣東省各縣縣長由民眾選任,吳被選為蕉嶺縣縣長,至民國13年3月卸任。是年國民黨改組,廣州有課吏館之設,吳入該館供職。民國14年,奉派為平遠縣長,至民國17年卸任。任職期間,在禁菸禁賭、市政、教育等方面皆有興革。
民國17年(1928),吳偉康復出巴達維亞,任《天聲日報》社長、國民黨駐荷屬總支部執行委員、國民黨中央僑務委員等職。
民國25年(1936),吳偉康歸國,任廣東省參議員、蕉嶺縣參議會議長等職。民國28年,吳偉康參與創辦倉海職業學校,以該校籌備委員身份到南洋群島募捐,得10萬元巨款,解決了學校開辦經費。旋被選為倉海職業學校副校長。
民國36年(1947),吳偉康患病在家,臨終前,除將部分積蓄作為家屬生活費外,所余悉數捐助辦學。受資助的學校有蕉中、鎮南、晉元、倉海等4間學校和牖民國小、徐溪中心國小等。8月9日,吳偉康病逝於家。