同濟大學結構防災減災工程系由結構工程與防災研究所2018年11月更名而成，原結構工程與防災研究所由工程結構研究所和結構理論研究所於1999年10月合併而成，其前身是1958成立的上海市最早的土木工程研究機構——上海市工程結構研究所和1963年李國豪教授（前校長）組建的結構理論研究室（1964年由國家科委正式批准成立）。目前，同濟大學結構防災減災工程系隸屬同濟大學土木工程學院，為相對獨立的系一級教學研究機構，設有地面運動與結構減振研究室、結構抗震研究室、混凝土與砌體結構研究室、結構智慧型與綠色發展研究室、結構抗火研究室、振動與控制研究室、結構抗衝擊爆炸研究室、結構試驗中心以及系辦公室。2007年成立了建築物移位技術研究中心，2010年研究所聯合校外企業成立了同濟大學抗震減震新技術研究中心，2011年經上海市政府批准，聯合上海市材料研究所成立了上海消能減震技術工程研究中心。2015年7月起逐步聯合七家國際知名地震工程研究中心成立了地震工程國際合作聯合試驗室(ILEE),於2015年12月通過教育部認證,2016年12月通過科技部認定，2019年4月通過教育部驗收。
同濟大學結構防災減災工程系不斷拓展與美國、加拿大、歐盟、日本、香港及台灣等國家和地區的交流與合作，在建築結構抗震新技術套用方面已與美國加州大學伯克利分校、加拿大不列顛哥倫比亞大學、東京大學、東京工業大學、歐盟聯合研究中心等10多所國外知名高校和研究機構建立了長期的合作研究關係；自2007年起舉辦試驗結構工程進展國際會議（AESE）和光華學術論壇(Kang-Hua Forum)等系列國際會議；為將“卓越人才培養”探索不斷推向深入，防災系積極推進境外合作培養計畫的實施，結構工程專業和防災減災工程及防護工程專業已與台灣逢甲大學土木工程學系建立了碩士雙學位的聯合培養機制；教師和學生國際交流活躍而充實；已形成有特色、多方位、主動型、高水平的國際交流與合作體系，形成了具有鮮明特色的國際化合作研究模式。
防災系是承擔教學工作的實體機構，從1978年恢復建制後一直招收和培養研究生，主要招收結構工程、防災減災工程及防護工程、風工程等專業的研究生，已為社會培養了一大批博士和碩士研究生，畢業後在國內外土木工程領域發揮著重要的作用。為了更好地適應國家和社會發展的需要，2006年後開始負責“工程防災與風險評估”課群組的本科生教學和培養工作。防災系在研究生和本科生的教學培養方面積累了豐富的經驗，並作出了顯著的成績。
同濟大學結構防災減災工程繫結構試驗中心是土木工程防災國家重點實驗室的重要組成部份，由結構抗震試驗室、結構靜力試驗室和教學試驗室三個試驗室組成，現有試驗室建築面積4500平方米，配有8m ×8m、8m ×20m、15m ×30m反力牆及剛性台座。其試驗設備的固定資產達5000萬元人民幣，其中有居國際先進及國內領先水平的三向六自由度地震模擬振動台系統；有多功能擬動力結構試驗系統、阻尼器性能測試系統、大型結構試驗機等；以及各種量測用的感測器、記錄儀、數據採集和處理設備等，為進行結構及構件動力、擬動力和靜力試驗提供了優良的技術條件。
同濟大學結構防災減災工程系現有教職員工59人，其中教授22人（包括外籍專家1人），副教授12人，高級工程師3人，講師及工程師8人，行政及其他技術人員14人。防災系是以理論研究為先導、試驗研究為基礎、工程套用為目標的土木建築與結構工程類研究機構，長期致力於土木工程防災領域的科研工作，近年來完成多項國家自然科學基金及國家各部委和上海市的重點研究項目，取得了豐碩科研成果。在國際、國內學術會議及刊物上發表了1000多篇論文，共獲得國家、省部級獎勵44項，國家發明專利40項、實用新型專利32項、計算機軟體著作權26項。防災系堅持理論研究與實踐套用並重的原則，承接了大量套用基礎研究和實際工程任務，近5年來平均每年完成各類科研項目和工程技術服務項目280餘項，為我國許多重大工程建設做出了貢獻。
