南漕海運論是清末主張將東南地區調征的糧食由海道運往京師或其他指定地點的思想。清嘉慶道光年間，因官僚機構腐敗，吏胥舞弊中飽，經由運河輸送漕糧的運費很高，損耗很大，為此，政府每年要支付大量經費，民間要承擔沉重的漕賦，常實征三、四石，高者達七、八石，方能完納額漕一石。這樣，由於負擔過重，便出現拖欠漕糧的現象，而且常因此發生獄訟以及“鬧倉”事件，不僅影響了清王朝的財政及糧食儲備，還成為威脅清王朝統治的一個隱憂。近代地主階級的一些思想家從興利除弊出發，力主對這一弊政加以改革。
嘉慶十二年 (1807年)，浙江巡撫阮元針對漕糧運道經常發生阻塞的現象，提出漕糧海運的建議。道光四年 (1824年)，因河道不通，海運之議復起。一些人看到民間的海運業已具有相當規模與力量，可以擔負漕糧北運，從而積極主張南漕海運、商運。如王贈芳上疏，請以江廣各幫之米，“於上海官為招募沙船，令其灑帶，其可容二千石者，令載官米千石，私貨千石至直沽口交納。”(《皇朝經世文續編》 卷四十九，《請試行海上疏》) 陳文述也指出，“大小沙船，江南沿海州縣皆有，殷實之商，有一家數十號者，會於上海” (同上，《海運續議》)，因而可以僱傭沙船海運漕糧。對漕運改革論述最透徹充分的是“善經濟之學”的包世臣和《海國圖志》的作者魏源。包世臣深為漕運之弊可能在東南地區釀成大患而擔憂。早在嘉慶七年 (1802年) 便提出將漕糧由原來的官運、河運、改為商運、海運。他認為船商既然有承擔南北貨物運輸的能力，而且官府也常雇民船轉運各種貨物，那么當然也能承擔漕糧海運北上的任務。並認為實行南漕商運、海運，是“一舉而眾善備焉”(《海運南漕議》卷一)，如可以減少官員吏胥的中飽和勒索，既使“公費大省”，又可減少“擾民”; 商運比官運迅速，既可保證京師的食糧供應，增加倉儲，而且船商也可從中獲取大利等。為了使船商樂於承擔漕糧海運，包世臣還特彆強調要照顧船商的利益，並提出了一系列的利商具體措施。如公布海運行情，酌增運價，規定合理的折耗費以及合理的海損攤賠等等。當時海運業的沙船幫，是一個具有資本主義萌芽的行業，實行南漕海運、商運，並採取利商政策，無疑將促進南北貨物交流，推動具有資本主義萌芽的海運業的發展。同包世臣一樣，魏源也主張改河運為海運，改官運為商運，並比包世臣更明確地提出和闡發了利商，便商的觀點。他認為當時改南漕為海運，商運已是必然的歷史趨勢，指出“海代河”、“商代官”，“因商用商”有四利六便。即：“利國，利民，利官，利商”(《魏源集·道光丙戍海運記》)，“國便，民便，商便，官便，河便，漕便” (同上書，《海運全案序》)，並認為實行南漕海運將促進商業的繁榮：“船既遄行，則荊，揚，豫，充之貨循運河而上，江、浙之貨附海漕而北，物價必賤於前” (同上書，《籌漕篇下》)。意即漕糧交商海運之後，可增加運河承運內地貨物的能力，海商又可利用運糧機會，附帶運輸貨物，從而促進南北物資的流通。從這裡可以看出，魏源關於漕運改革的考慮，並不限於漕糧本身，而是有更廣泛的內容。他認為物資交流有利於商，物價下降則有利於民。
